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随着全球经济一体化程度的逐步深入，国家间的竞争也变得愈发激烈，而国家之间的竞争往往反映在是否拥有先进的生产力。早在上个世纪80年代，邓小平同志首次提出了“科学技术是第一生产力”的先进论断，30多年来的改革开放，中国在取得举世瞩目成就的同时，经济发展方式也逐步从要素投资驱动转变为创新驱动，“建设创新型国家”成为中国经济发展战略的核心。 从全球技术经济学研究的进展来看，越来越多的学者认为，R&D活动作为技术创新的核心推动力，贯穿于科技活动的整个过程，在提高国家的综合实力方面发挥着越来越重要的作用。从区域层面看，在资源禀赋、区位、产业政策等因素的直接作用下，我国东西部差距依然显著，特别是作为长江上游经济中心、西部大开发战略重要支点的重庆，在近几年GDP连续领跑全国的形势下，科研及创新实力与东中部地区仍然有着不小的差距，不符合经济发展推动R&D强度提高的一般规律。从国家层面看，资源的稀缺性仍然是制约我国经济发展的一大难题，无论是R&D人员还是研发资金都属于稀缺资源，如何对R&D资源进行有效利用，促进地区R&D创新效率的提高，从而增强地区的核心竞争力成为了本文研究的重点。 本文依据国内外现有的研究成果，结合重庆市的实际情况，从R&D活动的产学研三大执行部门角度，运用数据包络分析法(DEA)构建相应的R&D效率评价的指标体系，并收集2009-2015年重庆R&D资本投入、人员全时当量、发明专利数、科技论文产出数、新产品产值、出版的专利著作等投入产出变量，通过实证分析对重庆市2009到2015年的综合效率、规模效率、技术效率进行测度，并与同处于长江经济带上的上海、江苏、湖北、四川等四个省市的数据进行横向对比。根据实证结果，结合现实情况及重庆R&D内部投入结构，分析重庆市R&D投入效率不足的原因，针对其不同执行部门效率不同给出合理的内部资金配比规划，最终通过调整资金结构和优化R&D的资源配置从而提高重庆市的R&D投资整体效率，同时也能够为其他地区经济决策提供参考。