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战略性新兴产业是先进科技与新兴产业的结合，技术创新对国家及区域经济的辐射带动作用越来越强，是推动社会科技进步的重要力量。“十三五”以来，我国战略性新兴产业在国民经济中的地位和作用进一步提升，广西也着力在相关领域加快发展。而创新能力的提高是战略性新兴产业得以突破、生存和实现可持续发展的原动力。当前，广西战略性新兴产业在创新方面存在一些突出问题，如创新投入盲目、缺乏计划性、重复建设严重;产业创新能力低、缺乏市场导向、知识成果发明专利稀少等，亟须从系统的视角构建符合广西实际情况的战略性新兴产业创新体系，培养产业自主创新能力和创新扩散能力，发挥战略性新兴产业带动区域经济增长的作用。 本论文首次尝试以复杂系统相关理论与战略性新兴产业实践背景的研究为基础与依据，对广西战略性新兴产业创新体系的构成要素与运行机制作分析，在此基础上进行创新体系的系统动力学仿真构建研究，直观刻画复杂系统各要素之间的逻辑联系，揭示广西战略性新兴产业创新体系的运行机制，并用耗散结构理论与协同学的熵变模型与协同度模型，对创新体系运行进行熵变评价与协同度分析，考察系统的创新效率和运行的有序度，得出:(1)从反馈回路来看，战略性新兴企业是创新的核心主体，但创新的实现不能单靠企业的“单打独斗”，与创新主体的合作和开放式创新能为战略性新兴产业创新更添活力与效率。同时，人才政策与金融政策强度以及政府科技资金投入增加，能有效促进广西战略性新兴产业未来的创新效率;(2)广西战略性新兴产业创新体系有助于提高广西战略性新兴产业的创新绩效，但要协同各创新主体，协调各子系统，通过各方的相互协调、联合作用以及集体行为展开创新活动，能为战略性新兴产业各主体带来协同创新的效率与效益;(3)广西战略性新兴产业创新体系的协同发展程度并不高，还处于弱的协同，广西战略性新兴产业创新体系的协调发展存在“木桶效应”，创新应用子系统、创新成果推广子系统及服务支撑子系统为广西战略性新兴产业创新体系的“短板”。复杂系统与产业创新体系的结合，丰富了产业创新体系理论和战略性新兴产业创新路径研究，藉此，为广西战略性新兴产业创新能力的提升提供多学科知识整合的理论支撑和新的机制与活力。