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小型猪由于其具有体型小、便于应用和与人更接近的生物学特性而在医学和药学研究中广泛应用，是当今实验动物科学发展最为迅速的领域之一。小型猪的质量对医学生物学研究的实验结果的准确性、重复性及科学性有重要影响。而遗传检测是评价和保证小型猪质量必不可少的措施。目前用于小型猪遗传检测的分子遗传学指标多选用微卫星，但从目前国内的小型猪微卫星的研究情况看，进行群体遗传分析所应用的微卫星位点极不统一，微卫星多态性较差，微卫星DNA遗传检测方法和标准尚未建立。本研究针对小型猪微卫星位点进行筛选，并运用筛选出的微卫星位点组合对国内几个成熟的小型猪群体进行遗传多样性分析，最后将筛选出的微卫星位点组合进一步优化，以适用于小型猪遗传检测，为小型猪遗传检测标准的建立提供数据支撑，同时有助于进一步了解国内小型猪群体的群体遗传状态，为小型猪的保种、性状控制和生产管理提供依据。
本实验分为三部分：
一、适于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点的筛选本实验参考相关文献从GeneBank中共挑选出100个微卫星位点进行引物合成。首先对这些位点的PCR扩增条件进一步优化；100个微卫星位点中经过条件优化后，获得85个扩增条带清晰明亮、无杂带的位点，淘汰15个位点。在多态性筛选方面，本实验采用了三种方法逐级筛选。初步选用1.5％的琼脂糖电泳筛选，然后运用8％的聚丙烯酰胺电泳进一步挑选，最后采用STR扫描的方法进一步确定等位基因数目，以及精确的等位基因扩增片段大小。最后从85个位点中筛选出32个位点，均匀分布在1—18号常染色体(除12号染色体外)和X性染色体上，等位基因数平均在12.1个。成功筛选出的微卫星位点信息含量高，分布广泛，呈高度多态性，适合封闭群小型猪遗传检测。
二、用筛选出的微卫星位点组合对三个小型猪群体进行遗传结构分析本实验采用筛选出的32个微卫星位点对国内广西巴马小型猪、贵州小型猪、藏猪分别进行了群内遗传变异和群间遗传差异分析。群内遗传变异选用平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均杂和度、平均PIC4个分析指标。群间遗传差异采用奈氏标准遗传距离。结果显示三个群体的多态性信息含量分别是0.5469、0.7296、0.7663，表明三个群体均具有较高的群内遗传变异，三个群体的变异程度广西巴马小型猪<贵州小型香猪<藏猪。根据奈氏标准距离得到的系统聚类图可以看出广西巴马小型猪与贵州小型香猪的亲缘关系较近，藏猪群体与上两种猪种的遗传距离较远。
三、封闭群小型猪遗传检测方法的优化利用筛选出的32个微卫星位点分析已知的封闭群猪群体—长春“军牧1号”猪群体，利用STR扫描技术得到该群体在32个微卫星位点上的基因型，录入数据，运用Popgene3.2软件进行数据分析。利用观测等位基因数、有效等位基因数、香隆指数、观测杂合度、有效杂合度、Nei氏期待杂合度等指标分析该群体的群体内遗传变异，分析时使用的位点数依次减少，最后找出能够反映该猪群体属于封闭群这一结论的最少使用位点数量。结果显示：运用25个微卫星位点对封闭群群体的分析结果与32个微卫星位点的分析结果没有显著性差异P>0.05，据此确定对封闭群做遗传检测所需要的最少微卫星位点数目是25个。