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方氏云鳚（Pholis fangi）与云鳚（Pholis nebulosa）同属于鲈形目（Perciformes）、鳚亚目（Blennoidei）、锦鳚科（Pholidae）、云鳚属（Pholis），为冷温性底层鱼类，方氏云鳚主要分布于黄、渤海，云鳚在黄、渤海以及东海均有分布。本研究综合运用传统形态学标记以及线粒体DNA分子标记，研究了方氏云鳚和云鳚的群体遗传结构、历史动态以及遗传多样性现状，并对方氏云鳚与云鳚种间差异进行了探讨。利用传统形态学方法，对4个不同地理群体方氏云鳚的10个可数性状和13个可量性状进行了比较研究。分节特征方面与以往的分类学资料相一致，方氏云鳚群体的各分节性状值分布范围大致相当，难以作为划分不同群体的依据；对量度特征的主成分分析、判别分析、单因子方差分析等结果显示各群体间存在显著差异。为研究方氏云鳚的群体遗传多样性水平、遗传结构现状及其群体动态历史，扩增并分析了9个地理群体的方氏云鳚控制区片段序列、COI序列和Cyt b序列。在控制区片段分析中，共检测181个个体，得到25个单倍型，表现出中等程度的单倍型多样性和偏低的核苷酸多样度。分子方差分析（AMOVA）和两两群体相比较的FST结果显示方氏云鳚在所研究范围内不存在显著的遗传结构。中性检验和核苷酸不配对分布分析的结果表明方氏云鳚在晚更新世时经历过群体扩张事件。在COI序列和Cyt b序列分析中，得到了与控制区片段分析相类似的实验结果。同时，我们扩增了方氏云鳚的线粒体控制区全序列（853bp），对照其他已报道的鱼类控制区结构，分析了方氏云鳚的线粒体控制区结构。识别出了终止序列区、中央保守区和保守序列区，并找到与终止命令相关的TAS序列以及保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D、CSB-C、CSB-B、CSB-A、CSB-1、CSB-2、CSB-3）。采用多元数理统计分析方法探讨了采自分别长海和俚岛的2个云鳚群体间的形态差异。结果显示，不同群体的分节特征分布范围大致相当，分节特征难以作为云鳚群体划分的指标。而不同群体间在可量性状上存在一定程度的分化。采用线粒体DNA控制区部分序列对云鳚群体遗传结构和群体动态历史进行了研究，在云鳚群体内检测到了两个单倍型类群的存在，更新世冰期时海平面下降，使西北太平洋边缘海之间产生隔离，可能是两个单倍型类群之间发生分化的原因。云鳚群体呈现中等程度的单倍型多样性和较高的核苷酸多样度，两两群体相比较的FST结果群体间不存在显著的遗传分化，FS检验和Tajima’s D检验以及核苷酸不配对分布结果均表明云鳚群体经历过群体扩张事件。同样，我们扩增了云鳚线粒体控制区全序列（853bp），识别出了终止序列区、中央保守区和保守序列区，云鳚的线粒体控制区结构与方氏云鳚的研究结果相似。基于传统形态学标记和线粒体DNA分子标记对方氏云鳚和云鳚间的差异进行比较。采用主成分分析、判别分析和聚类分析对采自北黄海的方氏云鳚群体和大连长海的云鳚群体形体特征进行了分析，方氏云鳚和云鳚间存在明显的差异。而在分节特征方面，方氏云鳚和云鳚各指标的范围存在一定的交叠，所以难以仅用分节特征作为判别方氏云鳚和云鳚的指标。线粒体DNA分析结果表明方氏云鳚和云鳚均呈现中等程度的单倍型多样度和低的核苷酸多样性。基于3种线粒体DNA片段得到的方氏云鳚和云鳚群体分化指数FST值均大于0.9，且差异极显著。根据Cyt b基因片段两者的净遗传距离为0.106，推算方氏云鳚和云鳚的分歧时间大约在530万年前，发生于上新世早期。