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对虾白斑综合症病毒(White Spot Syndrome Virus，WSSV)是目前对虾养殖业最主要的病毒性病原之一。自上世纪90年代初发现以来，该病毒以其宿主范围广、毒力强、致死亡率高、传播速度快等特点，给全世界的对虾养殖业造成了巨大的损失，并严重威胁世界水环境。因为该病毒与目前已知的病毒同源性极低，属于一类新的病毒家族，使得已知病毒的研究成果不能借鉴。另外，对虾的细胞系尚未成功建立，这也给WSSV结构蛋白以及感染的分子机理的研究带来极大的困难。因此，目前虽然对WSSV基因组及蛋白质组的研究已较为深入，但仍无有效的防治措施。为此，我们应用噬菌体展示技术，力图开辟一条新的研究途径，对WSSV结构蛋白进行研究。
VP28是WSSV最主要的囊膜蛋白之一，可能在病毒感染过程中起着关键性的作用。在本研究中，应用噬菌体展示技术，成功构建抗VP28单链抗体噬菌体展示文库，并且通过运用各种淘选方法，从中淘选到6种具有不同重链CDR3区的单链抗体，且这些单链抗体分别识别VP28的N端、C端和中间区域。对单链抗体进一步研究发现，其中有四种单链抗体识别的为线性抗原表位，另外两种单链抗体识别的为构象抗原表位。以分离得到的单链抗体为工具，利用胶体金免疫电镜技术，对单链抗体对应抗原表位在WSSV上进行定位，结果显示这些抗原表位均位于病毒囊膜表面，且其中有部分抗原表位位于VP28蛋白三聚体结构内部。同时，对这些单链抗体进行体内和体外中和实验分析，实验结果显示它们都不能阻止或延缓病毒感染宿主，暗示这些单链抗体对应的抗原表位不是病毒感染宿主的吸附位点。
同时，在本研究中，我们还以加强型绿色荧光蛋白(Enhancedgreen fluorescentprotein，EGFP)为报告基因，在原核表达载体中构建并表达VP28与EGFP的融合蛋白，利用流式细胞仪和荧光显微镜技术研究WSSV囊膜蛋白VP28与宿主细胞间是否有直接的相互作用。遗憾的是在研究结果中，我们发现原核表达的重组VP28并不能直接吸附于宿主细胞表面，与其他研究者的结果不一致。所以，通过本实验室对VP28的研究，我们认为对于该蛋白在病毒感染过程中所行使的功能以及其作用的机理仍有待进一步探讨。纯化WSSV为免疫原免疫小鼠，并成功构建抗变性WSSV单链抗体噬菌体展示文库。通过对各种不同淘选方法的探索，建立了能有效筛选更多识别WSSV上不同抗原的单链抗体的方法，并分离鉴定出6种能特异识别WSSV的单链抗体，对这些单链抗体的性质进行初步研究发现其中有一个单链抗体识别线性表位，能用于Westernblot分析。同时，利用胶体金免疫电镜技术，对这些单链抗体对应抗原表位进行定位分析。该研究为获取识别多种WSSV抗原的抗体提供了新的方法路线。
单链抗体P75E8为分离得到的能特异识别VP28上线性抗原表位的单链抗体。为了建立应用噬菌体展示技术高通量淘选单链抗体对应抗原表位的方法，以单链抗体P75E8为研究对象，分别采取传统的抗原表位研究方法和对噬菌体展示随机十肽文库进行淘选的方法，来研究单链抗体P75E8对应的抗原表位。以传统的方法我们确定P75E8对应的抗原表位氨基酸序列为：SDAQMKEEDA。通过对十肽文库的淘选，虽然得到一些阳性克隆，但是并不能从这些阳性克隆对应的多肽确定单链抗体抗原结合位点对应的表位。进一步研究发现这是由于非定向化固定的单链抗体由于构象发生改变或抗原结合位点被掩盖，使极大部分单链抗体失去结合特定抗原的能力。所以，要建立以单链抗体分离鉴定抗原表位的方法，首先要解决单链抗体定向固定的问题。该研究为进一步研究以单链抗体筛选抗原表位的方法奠定了基础。