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1994年，为适应分税制财政体制的要求，税务机构分设为国家、地方两套税务机构。税务机构分设以来，国家、地方税务机构在充分调动中央与地方理财的积极性，实现中央与地方财政收入增长方面起到了积极的作用。但是，国家、地方税务机构的并存产生了一些冲突。其冲突的具体表现如何，出现冲突的原因是什么，如何进行化解以及如何从规范化的理论角度对现行税务机构进行改革是本文研究的目的。
本文首先采用历史分析的方法对新中国成立以来我国税务机构的沿革做出考察，从时间上厘清税务机构发展的脉络。对分税制改革进行简要介绍，对税务机构分设初期的影响做出分析；然后，列举国家、地方税务机构分设后产生的冲突，剖析主要冲突，找出产生冲突的原因，这部分主要采用了实证分析、博弈分析方法；接着，实证分析国家、地方税务机构为化解冲突所进行的竞争与协调，尽管解决了一些冲突，但是，仍然有一些冲突不能得到有效的化解，其中就有税务机构分设所产生的问题；最后，在实证研究的基础上以规范性标准分析目前我国税务机构进一步改革的几种方案及改革原则，提出改革我国税务机构设置的建设性意见。
本文共由六部分构成。第一章为导论，主要说明选题的背景、理论框架和文章的意义，详细介绍了国、内外税务机构研究现状，阐述了本文的研究方法和研究思路。第二章是对我国税务机构分设背景的考察，力求梳理出新中国成立后我国税务机构发展的历史，对税务机构分设及初期影响做出客观描述。第三章对税务机构分设后国家、地方税务机构产生的冲突列举，力求全面描述冲突的表现，对主要冲突进行深入剖析，探求国家、地方税务机构冲突的原因。第四章分析国家、地方税务机构之间的竞争与协调，得到通过竞争与协调可化解的冲突，本章采用了大量的实例进行说明。第五章对我国税务行政组织的改革进行研究，通过对公共组织理论的应用，分析我国税务行政组织改革的原则。结合目前理论界在税务机构设置方面的研究成果，提出改革的思路。第六章是全文的概括，总结本文的观点、问题。
本文在已有对税务机构分设研究的基础上，从国家、地方税务机构的冲突这一全新视角起笔，分析国家、地方税务机构之间的竞争与协调问题，研究税务机构分设所产生的弊端，提出自己的观点和结论。本文的结论主要有以下几点：第一，税务机构的分设产生了积极的作用；第二，税务机构的分设是国家、地方税务机构之间冲突的主要原因之一；第三，国家、地方税务机构在现行体制背景下以竞争与协调积极探寻化解冲突的路径并取得一定成绩；第四，国家、地方税务机构的征管工作受到地方政府行为的深刻影响；第五，建立纵向垂直管理，层级扁平化，横向职能分工，专业科学化的税务行政组织格局。