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自主创新是强国之路，是推进现代化的关键，而目前我国研发(研究与开发)投入产出比较其他经济发达国家差距大，因此提高我国自主创新能力，不但要增加研发投入力度，更重要提高研发的管理水平。内部现金流不仅仅是研发投资的来源，也是其产出的财富表现形式，内部现金流与研发存在着密切联系。对高新技术企业内部现金流量与研发投资相关性进行研究，避免资金链断裂，提高研发决策水平，就显得十分有意义。
本研究将理论分析与实证方法相结合，分别从内部现金流的质量与数量两个角度探讨高新技术企业内部现金流量与研发投资存在的内在联系。
质量角度分析。通过对内部现金流的来源结构、使用自由度和动态统筹能力三个方面进行讨论，得出内部现金流的好坏直接关系到研发投资资金能否如期到位，因此，在研发决策中，要有效识别内部现金流优劣。
数量角度分析。通过收集我国2003-2005年上市公司数据，以信息技术业和医药、生物制品两个行业为研究对象，对企业的内部现金流与企业研发投资水平是否具有相关关系进行实证研究，实证研究结果发现内部现金流和研发投入之间没有显著相关性，同时发现研发投入与销售收入具有显著相关性，合理解释是内部现金流量与销售收入有着不同的轨迹，作为研发投资的资金来源应不仅保持与销售收入的对应关系，也要保持与内部现金流的对应关系，因此提出增设内部现金流与研发投资的考核指标建议。
最后，内部现金流与研发投资相关性研究的一个重要应用就是内部现金流与研发投资匹配管理。通过总结研发投资规模设定的依据，确定研发投资规模设定的整体方案，结合研发投资与未来经营目标及研发投资与内部现金流的关系，提出了研发投资规模的计算方法与流程。