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自我国中长期科技规划纲要颁布以来，我国科技创新能力整体得到快速提升，特别是科技资源的投入、科技带动经济和社会发展、区域创新系统绩效等方面取得了巨大成就，科技发展跨越到一个新台阶。在这一宏观背景下，提高区域创新能力进而提升整个国家创新能力已经成为各国、各区政策制定者追求的目标。因此，上到国家战略层次，下到执行层次的各部委、各区政府都纷纷制定了一系列科技政策，以期为地区高技术企业提供良好的创新环境从而增强国家总体竞争力。
基于科技政策强调区域不公平以及区域差异的需求，本文考察了对区域创新系统方法进行分析的要素以及特征。文章通过对区域创新系统范式的评价以及综合分析为理论、实践以及政策领域做出相应的贡献。研究概述并评价了目前理论及实践研究中主要的分支，讨论了他们在区域创新系统研究中的下一步发展方向。文章围绕三个理论核心展开。首先考虑系统本身的性质、产业集群以及区域创新系统的边界，认知区域创新系统空间组织机构及运行机理。第二是综述区域创新系统和科技政策关系研究，引出政策工具在区域创新系统中发挥的作用。第三，量化具体的政策工具（火炬计划、地方政策财政收支政策），将其引入到区域创新系统绩效评价指标体系中，依据《2011中国统计年鉴》、国家统计局、科学技术部、财政部《2010年全国科技经费投入统计公报》等资料整理出具体数据，测度和比较了考虑政策因素与否的区域创新系统效率值，采用集中式两阶段DEA方法分析我国28省市的区域创新系统绩效测评，并结合评价结果对区域创新系统综合实力进行分析，据此得出波士顿效率矩阵，更清晰反映我国区域创新系统的发展情况，对区域创新系统综合实力的提升提出对策建议。