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目的利用比较基因组学的方法获得犬、猪的新基因Elovl2和ID3的序列,寻找基因序列的多态性位点,分析基因多态性与体重性状的关系,为寻找犬、猪的脂肪沉积性状主效基因和分子遗传育种提供理论依据。
方法提取犬、猪资源群体基因组DNA,并测定相应的体重表型。根据物种间的同源性,设计犬、猪Elovl2基因和ID3基因PCR引物,对犬、猪DNA进行PCR扩增、回收纯化扩增片段,克隆、测序。利用BLAST程序比对分析DNA序列的碱基变异,寻找和确定基因的多态性位点。利用PCR-RFLP技术,分析基因的多态性。用SAS软件的单标记回归模型分析基因多态性与体重性状的关系。
结果(1)分离犬Elovl2基因片段,对本地犬和比格犬3次克隆测序,分别得到长为672bp、671bp和675bp的核苷酸片段,3个核苷酸片段有7个SNP位点和1处碱基缺失。分离得到的犬Elovl2基因与人的ELOVL2基因和小鼠的Elovl2基因无显著相似性。(2)分离猪Elovl2基因片段,对本地猪2次克隆测序,均得到长为412bp的核苷酸片段,2个核苷酸片段有3个SNP位点。分离得到的猪Elovl2基因片段与人的ELOVL2基因和小鼠的Elovl2基因无显著相似性。(3)运用PCR-RFLP方法分析了123只比格犬和29只本地犬Elovl2基因片段的多态性,表现为AA、AB和BB三种基因型。用SAS软件分析犬Elovl2基因片段多态性与体重性状没有显著相关性。(4)分离犬ID3基因片段,对比格犬3次克隆测序,分别得到长为243bp、243bp和244bp的核苷酸片段,3个核苷酸片段有1个SNP位点和1处碱基缺失。据此推测,该DNA片段翻译得到的氨基酸序列将会发生1处氨基酸替换和34个氨基酸的框移突变。本研究克隆的犬ID3基因序列与人的ID3基因同源性为92%,与后来网上公布的犬的ID3基因同源性为99%。
结论在犬中分离得到的Elovl2基因片段的PCR-RFLP多态性与犬体重性状未呈现显著相关性;在犬、猪中分离得到的核苷酸片段可能不是真正Elovl2基因片段;在比格犬中分离得到ID3基因片段,有1个SNP位点和1处碱基缺失。