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以转基因抗虫棉SGK321、GK12及亲本对照石远321、泗棉三号为材料，在2006年及2007年连续两年测定了棉花根区土壤真菌数量及主要类群数量的变化；在第二年蕾期和花期对真菌18SrDNA片段进行DGGE检测；并在2006年利用离心浮选法测定了棉花根区土壤线虫数量。
结果显示：第一年石远321、泗棉三号根区土壤真菌数量随生育期进程而增加，第二年真菌数量变化趋势与上年不同；两年间，相同生育期内转基因抗虫棉与亲本间存在一定差异：①SGK321与亲本石远321相比，2006年蕾期、吐絮期真菌数量及吐絮期镰刀菌数量差异显著；②GKl2与亲本泗棉三号相比，2006年花期真菌数量及蕾期、花期毛霉数量差异显著；2007年蕾期真菌数量及青霉数量差异显著。DGGE检测结果显示：2007年蕾期和花期，转基因抗虫棉与亲本相比，真菌数量及主要类群都有所改变；在蕾期，SGK321与石远321间根区土壤真菌相似度高于GKl2与泗棉三号间的相似度；另外，在蕾期，两个转基因抗虫棉品种与亲本间根区土壤真菌的相似度均高于在花期的相似度。线虫数量测定结果显示，转基因抗虫棉SGK321、GK12根区土壤线虫数量随生育期变化趋势一致；相同生育期内转基因抗虫棉和亲本间存在差异：①SGK321与石远321相比，蕾期、吐絮期线虫数量差异显著；②GK12与泗棉三号相比，蕾期线虫数量差异显著。
说明转基因抗虫棉的种植对根区土壤真菌数量、真菌主要类群数量、线虫数量均存在一定影响，且种植时间长短也会对根区土壤真菌产生不同的影响。