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幽门螺旋杆菌(H.pylori)中的肿瘤坏死因子α诱导蛋白(Tipα)被鉴定为新型的致癌因子。Tipα通过NF-kB的激活来诱导肿瘤坏死因子α(TNF-α)的大量表达，从而促使宿主的炎症反应以及肿瘤发生、发展的进程。Tipα的同源二聚体为其发挥生物学功能的活性形式，此二体以单体间N端半胱氨酸形成的一对二硫键(Cys25-Cys25&Cys27-Cys27)共价连接。半胱氨酸Cys25与Cys27的同时缺失突变，会使Tipα由活性二体变为非活性的单体，丧失其生物学活性。已报道的Tipα结构均为去除掉了Cys25与Cys27的非活性的单体结构，其不能正确地反映Tipα天然二体的活性状态或说明以单体结构为基础的Tipα结构-功能相关性分析。在此，我们报道了Tipα同源二聚体的晶体结构，Cys25与Cys27形成一对二硫键连接Tipα的活性二体。在以结构分析、突变体实验及分子模拟计算分析的基础上进行的一系列DNA-Tipα相互作用的生化实验中，我们发现了二体界面是Tipα结合DNA的活性位点，并且氨基酸His60，Arg77与Arg81是TipαDNA结合活性的关键氨基酸。并且Tipα以原始的构象结合一条单链DNA，以二体界面一定程度打开的构象状态结合一条双链DNA。Tipα分别结合单、双链DNA的特点也验证了N端loops和二硫键的内源柔性以及在此基础上Tipα二体的灵活性和柔性。Tipα独特的二体结构特点也暗示了其初始阶段的生物学功能机制。
H.pylori的毒力因子空泡毒素蛋白(VacA)的转运机制为V型分泌系统。VacA作为自转运体，其C端由β折叠片组成的β-domain插入外膜形成一个桶状的β-barrel结构，从而在外膜上形成一个通道，通过此通道将VacA的N端的毒素功能结构域转运出细胞。VacA的β-domain作为外膜蛋白以包涵体的形式表达，采用包涵体变性、复性的方法，在去污剂存在且适当的复性条件下，获得大量正确折叠的目标蛋白。接着经过一系列的纯化步骤，获得的纯的目标蛋白用来进行晶体学实验。晶体的优化是在常规结晶条件优化的基础上尝试不同种类去污剂的混合，以及尝试对于膜蛋白晶体生长特异的结晶方法来进行。