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对经济发展水平的一味追求，使区域经济增长与自然资本保护之间的矛盾越来越尖锐，中国区域发展面临着生态退化、环境恶化、区域差距扩大、公平与效率对抗等问题。问题症结在于资源的空间配置上，长期形成并仍在持续的行政区经济使得人口、经济活动并非以区域的资源、环境、生态承载力为依据。然而，行政区边界与生态系统的边界大相径庭，行政区间各自为政，恶性竞争使生态系统的整体性和系统性被严重割裂和打乱。经历了建国后四次行政区划大调整之后，主体功能区划是中国政府第一次打破行政区划编制的区域空间规划，是政府生态意识的首次全国性应用。流域是一个相对完整的自然地理和生态系统单元，具有独特的自然资源条件、发展模式、文化传统和生态环境景观，最重要的是流域生态系统具有强大的自我调节功能和系统修复功能。中国主体功能区划战略虽然以生态观为主要指导思想，但以行政区（如县域）为划分单元对各级主体功能区进行划分的方式，存在着一个重要弊端，那就是行政区对生态系统整体性的割裂作用。这使生态系统强大的自我调节功能和系统修复功能无法有效地发挥。至此，主体功能区划并没有实现最初生态指向型区划的根本目的。 以一定范围流域为单元对流域进行主体功能区划，遵循自然规律，可以充分发挥生态系统的自我调节功能和系统修复功能，进一步打破行政区划限制，减小区域开发中的污染治理投资，有效进行资源利用调控，提高环境修复效率，加快流域低碳模式下可持续发展的步伐。按照流域的资源、环境、生态承载力合理布局社会、经济、人口活动具有科学性和可行性。虽然目前的流域管理委员会并不能对流域实施全面管理，但在生态觉醒和低碳社会大潮中，这将是全球范围内区域规划的必然发展方向。 淮河流域包括苏鲁豫皖4省的40个地级市，面积广阔，人口密度高，占据中国重要的生态战略区位。流域中各城市产业结构与空间结构与流域生态承载力和城市区位的生态地位存在严重的不和谐。所以，第一章绪论从宏观全球时代潮流、中观国家的发展战略、微观的淮河流域发展现状角度交待了论文的选题背景，在理论、方法和实践三个方面提出了研究意义，明确了研究思路和多维研究方法之后，得出了论文的技术路线、拟创新点和研究难点。 第二章进行了相关综述。首先总结了美、德、英、法等西方国家的空间区划经验，并分政府组织模式、市场组织模式和协会组织模式三种模式总结了国外流域生态补偿的先进做法和经验，结合中国主体功能区划战略的理论建设、实践过程及日前存在的主要问题，阐述了中国生态补偿发展历程及相关政策法规、流域生态补偿理论研究及国内实践，提出了中国流域生态补偿存在的问题和今后的研究方向。最后，切合文章的主题，综述了帕累托最优理论在现实社会中的应用领域，佐证了用帕累托最优理论指导淮河流域主体功能区生态补偿的实践具有科学性和可行性。 第三章在综述的基础上构建流域主体功能区生态补偿的基础理论体系。流域主体功能区生态补偿是一个综合性问题，涉及经济学、生态学、地理学、法学、环境伦理学、可持续发展理论等多个学科内容，其中流域生态补偿制度的产生以环境伦理学、生态学的发展具有重要的关系，而地理学则是流域现状特征描述和主体功能区划分不可缺少的学科基础;流域主体功能区生态补偿制度的确立、标准的制定，以及管理与法律保障等方面则与生态学、经济学和法学等学科的相关理论息息相关。这些观点体系从理论上支撑淮河流域主体功能区划，以及生态补偿原理、标准、方式、保障机制等方面的问题，为论文提供坚实的理论基础。第四章在阐述了淮河流域范围、行政区构成及历史变迁的基础上，分淮河流域自然条件与资源特征、淮河流域社会经济特征、淮河流域水环境特征三个大类包括地形与地貌、地质与水文构造、气候、土壤与植被、自然资源、水土保持、人口分布、国民经济发展、土地利用分布、旅游资源分布、水质变化、主要污染物空间分布、污染结构等13个小类详细阐述了淮河流域主体功能区划分的重要影响因素，为第五章淮河流域主体功能区划分的环境承载力、社会发展潜力方面的指标体系构建奠定了坚实的基础。 第五章在国内外综述、理论基础和淮河流域要素特征分析的基础上，进行淮河流域主体功能区划分。首先，利用ArcGIS平台spatial analyst工具集中的hydrology（D8模型）工具完成淮河流域四级汇流区划分的整个过程，并进行了标准编码。随后针对淮河流域的自然生态因子构建指标体系进行了生态敏感性评价，针对淮河流域的经济发展因子构建指标体系进行了社会经济发展潜力评价，大量运用ArcGIS空间叠置的方法，将生态敏感性因子、社会经济发展潜力因子进行了单因子分析与综合合并，之后划分得出淮河流域主体功能区，为淮河流域主体功能区生态补偿研究奠定了基础。之后，第六章首先从流域主体功能区生态保护的多重外部性、流域生态资源的私人产权弱化、市场失灵、政府失灵、流域主体功能区生态帕累托最优的外部性模型演绎等方面深入阐述了流域主体功能区生态补偿的经济学原委，明确了流域主体功能区生态系统的外部辐射效应，在分析流域经济发展与生态系统耦合关系和淮河流域生态系统服务价值的基础上，从经济效益最大化、生态效益最大化、兼顾经济与生态效益三个方面分别分短期、中期和长期设置了三个情景。情景对比分析之后，提出了淮河流域生态补偿的最优方案、补偿标准与补偿方式，并在指出淮河流域主体功能区生态补偿存在问题的基础上，借鉴国外经验，从成立淮河流域丰体功能区实权型管理机构、建立淮河流域主体功能区生态补偿法律体系、完善淮河流域丰体功能区生态补偿市场机制、建立流域丰体功能区农民土地流转中的土地保护机制、培养淮河流域丰体功能区生态补偿多方谈判代理人、流域丰体功能区生态补偿要从单一的污染控制转向综合治理等方面提出了保障措施。