DNA凝聚动力学的单分子研究

来源 :中国科学院物理研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhongtianlang
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本论文主要进行了以下三个方面的研究工作:首先,在传统的磁镊装置的基础上,发展了两套横向磁镊装置。接下来,利用这两套横向磁镊装置在单分子水平上详细研究了六氨合钴离子([Co(NH3)6]3+)对DNA凝聚的动力学行为,并且结合随机动力学模拟算法,对唯一存在的凝聚动力学模型进行了评价。论文工作中主要取得了以下有意义的研究进展:   (1)对传统的磁镊装置进行了改进,发展了微针型横向磁镊装置,该装置兼顾了光镊和传统磁镊的共同优点,提高了磁镊的时间和空间分辨率,扩大了提供力的范围,适合进行快速的动力学反应测量,同时还可以对DNA施加一定的扭矩。在微针型横向磁镊的基础上,笔者后来又发展了液槽型,引入了液槽进样、反应和检测系统。这种改进一方面简化了实验仪器的装配过程,降低了实验成本;另一方面,由于此系统操作的简单性以及一次实验可以同时检测几条DNA反应状态的特性,大大提高了实验的效率和重复性。此外,这种装置还允许更换反应溶液,适合不同条件下的反应研究。这对于单分子研究的进一步普及及深入开展有重要意义。   (2)通过六氨合钴离子([Co(NH3)6]3+)对受力情况下单个DNA分子的凝聚动力学研究,我们发现多种反应条件下DNA的凝聚和解凝聚过程不连续,DNA长度呈台阶式变化;通过对凝聚曲线的分析,我们认为DNA被凝聚成了单一环形结构( toroid);台阶现象说明DNA的凝聚过程中,系统在两个稳态之间转变,中间要跨越一个能垒,这对理解凝聚的机制有着重大的指导意义;就台阶尺寸与电镜结果的比较,发现这也可能提供了一种对凝聚过程进行控制的方法,对于DNA凝聚在基因治疗方面有一定的应用价值。此现象被其他研究组在次证实。   (3)为了更好的理解这种DNA凝聚过程的台阶现象,我们同时进行了随机动力学模拟。通过对模拟结果和实验结果的比较,对目前唯一存在的动力学模型进行了评价,发现该模型在解释此类凝聚和解凝聚过程都有很好的合理性。此工作加深了人们对此类问题的理解,对以后此类问题的研究有指导意义。
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