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自由贸易试验区建设是我国全面深化改革、构建开放型经济新体制的重要现实课题，根据十九大报告“转变政府职能，深化简政放权”的要求，作为制度创新试验田和新时代改革开放新高地，自贸区理所当然地成为政府职能转变的示范窗口，对自贸区原有的政府治理模式和体制机制创新提出了更高的标准与要求。因此，如何优化自贸区政府治理模式、创新体制机制，突破自贸区发展瓶颈，已经成为推动我国政府职能转变，形成全面开放新格局的关键问题。 本文从政府职能转变视角出发，综合运用文献研究法、政策文本分析法与数据包络分析法等研究方法，分析国内外自贸区政府治理模式以及我国自贸区政府职能转变的政策工具现状，探讨我国自贸区政府治理模式的效率差异和原因，并为优化我国自贸区政府治理模式提出有针对性的治理对策。首先，从公共治理理论视角分析自贸区政府治理理念变化，厘清政府在自贸区治理中的角色转变及职能转变，通过借鉴目前全球自贸区主要政府治理模式，以组织变革和制度变迁理论为基础，从变迁方式和变迁阶段两方面构建自贸区政府治理模式变迁模型，建立比较我国自贸区政府治理模式的理论框架。其次，总结、比较我国各自贸区的政府治理模式类型，同时对我国各自贸区总体方案进行文本分析，了解目前我国各自贸区的政府治理模式现状及政府治理主要任务，形成比较和优化我国自贸区政府治理模式的政策依据。再次，根据理论分析框架和文本分析结果，选取投入产出指标，并运用DEA模型对不同的自贸区政府治理模式片区进行投入产出效率比较，分析企业化治理模式、“政府+企业”复合式、政府主导治理模式的效率特征与成因。最后，基于政府职能转变视角，相应提出推动自贸区政府治理模式变革、完善自贸区政府职能转变政策工具、提升自贸区政府治理模式投入产出效率等对策建议。 总之，本文将研究视角从金融、贸易、投资扩展到政府职能转变，通过对我国自贸区的政策文本挖掘和政府治理模式的投入产出效率分析，阐述了我国自贸区政府治理模式现状及自贸区政府职能转变政策工具，较完整地呈现了不同模式下自贸区政府治理效率存在问题及其成因，基于此进一步提出了我国自贸区政府治理模式的优化路径。