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我国铁路运输检察机关作为国家专门的法律监督机关，它是根据铁路运输在国民经济体系中的重要性以及铁路运输案件自身的特点而设置的。从其产生的背景上看，铁路运输检察机关是我国传统计划经济体制与司法体制的产物，而且我国的铁路运输检察机关在产生之后又依附于铁路运输企业，造成了我国铁路运输检察机关一直存在一些体制性的问题难以克服，严重困扰着铁路运输检察机关的发展。特别是在我国的司法改革与铁路运输体制改革的双重背景下，铁路运输检察机关存在的体制性弊端更是显露无疑，已经危及到了铁路运输检察机关存在的合法性。在具体分析铁路运输检察机关存在的问题的基础之上，结合我国司法体制与铁路运输体制改革的宏观背景，确立起铁路运输检察机关改革的基本原则，进而探索出我国铁路运输检察机关改革的可行性方案。
研究表明，有必要对现行铁路运输检察机关的机构设置、财政经费保障、人事任免、监督体制、案件管辖以及内部管理等方面进行全方位的改革。机构设置方面，在铁路运输系统建立最高人民检察院统一领导下的三级二审制垂直司法体系，彻底脱离铁路企业，同时结束目前地方司法机关跨行政区域管辖的现象；在人事任免方面应着重解决铁路运输检察机关人员的主体身份问题，将其从铁路现职职工序列中剥离出来，使其任职合法化；在财政经费保障方面，由最高人民检察院制定出全国铁路运输检察机关的财政预算上报中央，由中央从铁路上缴的财政收入中设立的铁路运输检察机关的专项基金中拨付给最高人民检察院，再由最高人民检察院下发各级铁路运输检察机关；在监督体制方面，建议设立人大监督、公众舆论的监督以及上级检察机关和其内部党组的监督的三级监督体制；在案件管辖方面，必须根据法制统一的基本原则，进一步明确铁路运输检察机关的案件管辖范围，实行专属管辖为主，属地管辖为辅的管辖原则；在内部管理管理方面，应当在管理理念与管理技术上都要有所创新，改变原有的管理机制。