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本研究用线粒体基因组中的两种功能不同的蛋白质编码基因(细胞色素b(Cytb)和NADH-泛醌还原酶亚基5(ND5))和16SrRNA以及非编码区(D-loop)作为分子标记，分析了它们在虎亚种中的适用性，并用它们初步分析了华南虎、东北虎和孟加拉虎的相互关系。
通过PCR，本文获得了华南虎、东北虎和孟加拉虎的Cytb基因的572bp片段，ND5基因的309bp的片段、16SrRNA的326bp的片段和D-loop高变区Ⅰ(HSVⅠ)的约500bp的片段。经过序列分析，发现一只东北虎Pts01的Cytb序列与其他虎的Cytb序列间的遗传距离远远大于其他虎的Cytb序列间的遗传距离。同样，一只孟加拉虎Ptt1的16SrRNA与其他虎的16SrRNA序列间的遗传距离远远大于其他虎的16SrRNA序列间的遗传距离序列，所以把这2段序列排除在分析以外。
根据D-loop序列分析，我们发现在D-loop高变区Ⅰ中华南虎与金钱豹、雪豹的遗传距离要小于东北虎、孟加拉虎与金钱豹、雪豹的遗传距离。结论支持华南虎是最古老的虎亚种的结论。
通过用扩增D-loop的引物loopR和loopF，我们除了得到目的片段外(500bp)，还得到了287bp的片段。经过Blast软件进行同源搜索发现它属于mtDNA中的D-loop序列，但它是高度保守的：在华南虎、东北虎和孟加拉虎中序列完全一致，在虎与金钱豹中也只有1.76％的序列差异。经过用mtDNA作为模版用loopR和loopF作为引物进行扩增时发现只能得到预期的约500bp的系列，而不能得到这287bp的序列，因此它是转移到核中的似D-loop的线粒体假基因。根据公式δ=(λN+λC)t得出这段假基因大约在16.7百万年前转移到核中。