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硅藻是浮游植物的主要组成类群，与浮游植物群落演替和赤潮发生密切相关。我国长江口及临近海域近十几年来频发赤潮，其发生机制比较复杂，为了探讨硅藻长周期变化与赤潮发生的关系，本研究于2002年至2013年间，通过藻华973航次在长江口及临近海域典型赤潮高发区分别进行19个航次的浮游植物拖网和水样采集，共获得浮游植物样品3417个，进行了硅藻种类组成与数量分析，研究了其年际变化、季节变化和地理分布及其受控因素。 一般情况下，浮游植物群落中硅藻在种类和数量上都占优势地位。但近年来在东海赤潮高发区春季大规模甲藻赤潮频发，甲藻在数量上占绝对优势，呈现出春季由硅藻赤潮向甲藻赤潮的演替。从研究期间获得的样品中共鉴定出硅藻71属340种，有42种是有潜在赤潮风险的藻种。浮游硅藻群落主要以近海低盐性群落和近海广温广盐性群落（包括暖温带和热带）为主，主要的硅藻种类有:骨条藻（Skeletonema spp.）、具槽直链藻（Melosira sulcata）、拟菱形藻（Pseudo-nitzschia spp.）、角毛藻（Chaetoceros spp.）、圆筛藻(Coscinodiscus spp.)等。研究期间，样品中平均硅藻细胞丰度总体呈上升趋势，其中春季航次样品密度在2011年最高，平均细胞密度为1.8×105cells/L。广布种硅藻占比有不断增多的趋势。近五年来，暖水种的种类占比也逐渐增多，在2013年的样品中，暖水种占比高达37.9％，是2011年的7倍左右。垂直分布上，硅藻的细胞丰度基本呈现出在表层、中层海水中较高，远大于底层海水的态势。水样中硅藻细胞的密度高值区有从沿岸向外海扩散的趋势。季节分布上，夏季样品中硅藻细胞密度远高于另外三季。骨条藻作为该海域重要的赤潮优势种，几乎每年都在该海域爆发赤潮，最高细胞密度可达到1.03×107cells/L，高值区主要出现在ra、rb断面。 2002年至2013年间，研究海域的浮游硅藻呈现了种类多样性降低、优势种多样性降低的趋势，主要赤潮优势种骨条藻、拟菱形藻在春季的细胞密度和出现频率也有降低的趋势。此外，随着对全球变暖的响应，暖水种硅藻的比例逐渐上升。 通过对在我国广泛分布的两种骨条藻——多恩骨条藻（Skeletonema dohrnii）和玛氏骨条藻（S.marinoi）的实验室培养，探究光照强度、温度、盐度、营养盐等环境因子对其形态特征的影响，研究结果表明，二种骨条藻在短时期光照、温度增加的环境下都呈现出细胞直径、链长减小的趋势，在20-25‰的盐度下各类形态学指标都达到最大值。而在氮、磷、硅三种营养盐缺乏的条件下，氮限制对骨条藻的形态影响明显大于另外两种营养盐，当氮浓度缩减为正常浓度的一半时，多恩骨条藻的链长减小了约36.8％。