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由于新能源在保持经济平稳增长、优化产业结构等方面发挥积极作用，使得各国政府大力支持新能源产业的发展。作为全球第二大能源消费国，我国已经到了能源制约经济发展的关键时期。为了解决国民经济发展中的能源短缺问题、改善生态环境，我国大力培育发展新能源产业，加快经济转型升级，具有十分重要的战略意义。我国新能源产业目前正处于飞速发展阶段，政府为了能扶持新能源产业的发展，不断加大研发补贴和税收减免的力度，促进新能源产业的合理集聚，提高企业的自主创新能力，增强新能源产业的市场竞争力。基于此，本文选取2008-2015年在沪深两市A股上市的136家新能源公司为研究样本，对政府补贴、产业集聚与自主创新三者之间关系进行深入系统的研究。 本文在阐述政府补贴、产业集聚与自主创新相关概念及理论的基础上，将政府补贴和产业集聚这两个重要变量纳入新能源企业自主创新的分析框架，结合新能源行业中上市公司数据，首先运用描述性分析、平稳性分析、相关性分析、共线性检验对数据进行了检验分析，其次构建计量模型验证政府补贴、产业集聚和企业自主创新三者之间的关系。研究结果表明，无论是政府直接补贴还是政府税收减免均会对新能源企业自主创新产生显著的促进作用。政府直接补贴可以引导企业积极开发新产品，有利于帮助企业获取更多的研发资金；同样地，政府税收减免也能通过有效促进企业自主创新。相比于国有企业，非国有企业更重视利用政府补贴来提升其自主创新能力。政府补贴对新能源企业自主创新的促进作用受产业集聚程度影响，产业集聚程度较高，政府补贴对新能源企业自主创新的促进效果更好。在此基础上，本文提出应进一步完善政府补贴方式、改进政府和市场监督机制，降低国有企业垄断程度，提高产业集聚水平，增强市场竞争意识，提升新能源企业自主创新能力。本文的研究为我国新能源产业的发展提供了较好的理论依据和实践指导。