SLC2A1基因在脑瘫儿童中的初步研究

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目的:通过对特发性先天性脑性瘫痪(cerebral palsy,CP)儿童进行原发性肌张力障碍相关基因的突变分析,研究特发性先天性CP儿童是否存在该类基因突变,即二者在遗传学方面是否有交叉重叠,筛选出CP新的候选致病基因。方法:1.提取12例特发性先天性CP儿童的外周静脉血基因组DNA,通过靶向捕获和第二代测序法对12个已知的原发性肌张力障碍相关基因进行突变筛查,测序范围包括每个目的基因的全部外显子和外显子-内含子交界区。应用一系列软件对原始数据进行生物信息学分析,包括以下步骤:(1)应用CASAVA软件对获得的原始数据进行碱基识别;(2)应用BMA软件将读取的目标序列与人类参考基因组hg19进行比对;(3)应用HGMD和dbSNP数据库将比对后的结果进行单核苷酸多态性(single-nucleotide Polymorphisms,SNPs)分析和插入缺失多态性(deletion-insertion polymorphisms,DIPs)分析,应用ANNOVAR软件对序列变异进行注释;(4)通过在线预测工具Scale-Invariant Feature Transform(SIFT)、PolyPhen-2.2.2和Mutation Taster对错义突变的病理生理影响进行预测。通过一定的标准对大量原始数据进行过滤,从中筛选出可能的致病性变异。最后,应用传统的Sanger测序对这些变异进行验证及突变来源分析,再结合患者的临床特征和家族史,综合推测突变的意义。2.采用粗大运动功能分级系统(gross motor function classification system,GMFCS)对所有患者进行临床分级,分为5个级别(Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级、Ⅴ级),其中Ⅰ-Ⅲ级表示轻度障碍,Ⅳ-Ⅴ级表示重度障碍。按照基因是否突变,将所有研究对象分为突变组与非突变组,采用Fisher确切概率法比较两组粗大运动功能障碍程度。结果:1.通过靶向捕获目的基因和第二代测序的方法,首次在2例痉挛型CP儿童检测出SLC2A1基因的2种突变,包括1例痉挛型双瘫(c.988C>T,p.Arg330*)和1例痉挛型偏瘫(c.668G>A,p.Arg223Gln)。SLC2A1在本次特发性先天性CP研究队列中的检出率为17%(2/12)。2.采用Fisher确切概率法对SLC2A1突变组与非突变组的粗大运动功能障碍程度进行比较,P>0.05。结论:1.特发性先天性CP患者存在SLC2A1突变。2.部分CP从病因学上或许可以用SLC2A1突变所致的大脑葡萄糖缺乏解释,SLC2A1可能成为CP的新的候选致病基因。3.在特发性先天性CP患者中,SLC2A1突变组与非突变组的粗大运动功能无显著性差异。
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