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R&D活动是科技创新的核心和灵魂，R&D绩效的好坏直接影响着国家的科技发展水平、技术创新能力、经济发展的后劲等各个方面，因此，测度并提高R&D投入产出效率对提高国家科技创新水平具有重要的意义。为提高自主研发水平，我国不断加大研发投入，但是近年来我国区域之间的科技产出呈现很大的差异，因此，从区域角度来分析研究我国区域R&D问题，对于缩小区域创新水平差距，促进区域创新能力的提升具有重要的现实意义。本文在国内外学者研究的基础之上，通过构建R&D活动投入产出效率评价体系，运用Malmquist分析方法对R&D投入产出效率进行实证分析，结果显示，（1）区域R&D效率整体提升，但技术创新效率在降低；（2）区域R&D存在规模效应，但纯技术创新效率比较低；（3）东部部分发达省份的技术效率和纯技术效率明显落后于中西部地区；（4）区域R&D效率呈由东到西依次递减的特征。在此基础上，通过运用Tobit模型进一步分析影响区域R&D投入产出效率因素，结果显示，（1）区域市场化水平对R&D效率的影响在东部和中部呈现为相反的效应，其中东部为负效应，中部为正效应，而且影响系数均比较小；（2）区域开放度对R&D效率的影响在东部和中西部地区均表现为负效应，且其影响系数的大小为西部>中部>东部；（3）政府支持强度对R&D效率的影响在东部和东北部地区均呈现为正效应，且系数均比较大，中西部地区不显著；（4）信息化水平对R&D效率的影响系数在东部地区为正，西部地区为负值，而且均比较大；（5）工业化水平对我国区域R&D效率的影响在各个地区均没有显著的效应。最后通过借鉴经济发达国家和新兴工业化国家提高区域研发效率的经验，并结合本文的研究结果，为我国区域R&D效率的提高提出政策建议：（1）完善市场经济体制，发挥企业研发的主体作用；（2）根据不同地区的特点加大政府支持强度；（3）转变对外贸易方式，提高区域技术创新能力；（4）加强产学研合作。（5）注重对科技人才的培养与引进。