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大尺度的物种及自然生境保护效果评估对于生物多样性保护与自然保护区规划具有重要意义。本研究以东北地区为研究区，以自然保护区科学考察报告和生态系统分类数据位基础，通过模拟与统计分析，从野生动植物的保护状况、自然生境的保护现状与变化、人类活动干扰的现状与变化三个方面评估了自然保护区体系对物种及自然生境的保护与管理效果。研究结果表明: (1)东北地区自然保护区共分布有野生高等植物3500余种，占全国野生高等植物总数的11.62％;陆生脊椎动物974种（含变种），约占全国动物总数的15.3％，其中国家Ⅰ级保护动物80种，国家Ⅱ级保护动物242种，分别占全国Ⅰ、Ⅱ级保护动物总数的48.8％与76.8％，东北地区自然保护区对全国野生生物保护的总体贡献较大。 (2)保护区内野生动物物种数随着自然保护区数目与面积的增加而增加，但不同类群存在差异。当保护区数量为57个，面积达到4×104km2后，两栖类、爬行类物种数增加缓慢，而鸟类、哺乳类的种—面积曲线未见减缓趋势，新增自然保护区应该多考虑鸟类、哺乳类的保护需求。 (3)国家重点保护物种在自然保护区的出现次数差异大，62.1％的物种仅在1个保护区出现，3.6％的物种在20个以上的保护区出现，自然保护区的建设对丹顶鹤、大天鹅与猞猁、紫貂等少数物种关注多，其它保护物种关注较少。 (4)目前森林、草地、灌丛与湿地这四类自然生境在国家级自然保护区的保护比例仅为6.16％，93.84％的自然生境没有在国家级自然保护区得到保护。其中草地与森林最低，保护比例仅为4.68％与6.06％;湿地次之，为15.23％;灌丛较高，为37.68％ (5)2000至2010年，国家级自然保护区内森林、草地、灌丛三类自然生境面积分别增加了0.02％，0.53％，0.21％，但湿地面积减少了0.87％。与保护区外5km范围内相比，保护区内森林、草地与灌丛的增加比例高于保护区外，但湿地减少比例比保护区外更高。自然保护区对森林、草地、灌丛的保护效果较好，但湿地生境的保护效果不佳。 (6)东北地区国家级自然保护区中人类活动范围广、强度大，并有增长趋势。2010年，89.4％的保护区中分布有农田，90.9％的保护区中分布有建设用地，从2000年至2010年，农田和建设用地面积增长趋势明显。从不同的功能分区来看，2010年62.1％的核心区和66.7％的缓冲区中有农田分布，63.6％的核心区和31.8％缓冲区有建设用地分布;从2000年至2010年，76.8％的核心区和64.3％缓冲区农田面积降低，但幅度很小，总体看来农田面积仍然增加。几乎全部的保护区功能区内建设用地面积有所增加。自然保护区对人类活动的管控力度不够。