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创新体系研究是近年来研究的热点。随着全球一体化和国际边界的消失，区域成为了真正意义上的经济利益体，区域创新体系的研究也成为了新的热点。区域创新系统作为一个网络系统，其直接目的是提高区域科技创新能力，最终增强区域竞争力，加快区域经济的发展。因此，其效率研究对于珠三角这样急于通过创新实现产业升级的地区具有重要意义。 首先，本文根据国内外对于区域创新系统的理论分析，设立了一个三阶段的模型，通过技术效率、经济效率、社会效率三个阶段，来综合衡量珠三角区域创新系统的效率。然后应用数据包络法(DEA)中的C2R模型和BC2模型，代入选定指标对应的珠三角各城市数据，得到总效率、利用度、纯技术效率、规模效率等数据，对珠三角各城市的创新效率进行实证分析。 实证结果显示:从各个城市来看，深圳是珠三角创新效率最高的城市，而广州的效率与一般认知有较大差距，尤其是其经济效率和社会效率;从整体来看，整个珠三角创新系统在经济效率和社会效率阶段有所欠缺，可见如何有效转化正是目前制约整个珠三角区域产业升级的瓶颈所在。 最后，本文就如何提高区域创新系统效率给出了一些政策建议，并对进一步的研究做出展望。