TALE在拟南芥基因编辑及基因表达调控中的功能研究

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转录激活因子样效应物蛋白(transcription activator-like effectors,TALE)是一类具有特殊功能的蛋白,它具有识别A,T,C,G四个碱基的不同模块,通过这些模块的串联组合可以实现对DNA序列的特异性识别。通过与不同的功能结构域连接,TALE可以被改造为多种分子生物学工具,从而发挥不同的功能。转录激活因子样效应物核酸酶技术(transcription activator-like effector nuclease,TALEN)是近年来发展起来的一种具有高效基因编辑能力的新技术。与传统的RNA干扰与转录抑制技术不同,TALEN技术可以从基因组水平对靶标基因进行有目的的改造。然而,相比哺乳动物细胞而言,适合植物细胞应用的TALEN系统仍然很少,关于TALE在植物细胞中的功能也还有待进一步的探讨。本研究利用模块组装法(Unit Assembly)作为基本的TALEN载体构建方法,建立了一套适用于植物细胞表达的TALEN系统。更为重要的是,本研究发现在不连接任何功能结构域的情况下,仅依靠TALE蛋白自身即可实现对靶基因转录的有效抑制。  1.基于Unit Assembly的TALEN载体构建思路,建立了一套适用于植物细胞的TALEN表达载体:本研究对两个植物表达载体pSAT4和pSAT6进行了改造,使它们能够兼容于Unit Assembly的TALEN构建系统。为了检测所建立的TALEN载体是否能够有效作用于植物细胞中的靶基因,本研究针对拟南芥DET2基因设计并构建了两个TALEN质粒,TALEN-DET2-1和TALEN-DET2-2。通过T7E1核酸酶实验,对转化后的拟南芥原生质体细胞中DET2序列进行检测,结果表明约有10%的序列发生了突变,而对照1301TALEN-DET2的基因敲除效率约为6%。通过测序分析,进一步证实了TALEN-DET2-2所引起的序列突变。此外,本研究发展了一套通过GUS染色的方式对TALEN蛋白活性进行检测的系统。通过将TALEN和pBI101mG两个载体共同注射到拟南芥或烟草的叶肉细胞后,检测GUS染色斑点情况,即可定性检测TALEN的活性。pBI101mG的GUS序列中包含TALEN的靶点序列,使得原有载体中的GUS序列移码突变。当所构建的TALEN载体具有靶位点切割活性时,移码突变的GUS序列会有部分被修复成正确的读码框,从而使得GUS基因能够正常表达。  2.TALE在不连接任何功能结构域时,能够有效对靶基因的转录进行抑制:在筛选TALEN-DET2-1(TD1)后代中可以稳定遗传的突变体时,本研究发现一个有趣的现象,即TD1-2,TD1-3,TD1-13,TD1-14,和TD1-21等株系出现了类似det2突变体的表型,而DET2序列并未检测到任何突变。通过实时荧光定量PCR对这些株系中DET2的mRNA水平进行检测,发现这些株系中DET2的转录水平受到不同程度的抑制,且抑制程度和胚轴缩短程度成正比。进一步对这些株系中TALEN的表达水平进行分析,发现TALEN在靶基因正义链的结合影响了靶基因的转录。通过对pCAMBIA1300载体进行改造,并将TALE的表达序列连接于其中,本研究建立了TALE在植物中的过表达载体TALER。拟南芥叶片中的瞬时转化实验表明,靶基因DET2和BKI1的转录水平分别被抑制了46.5%和54.4%。并且,在TALER-DET2和TALER-BKI1的稳定转化植株中,DET2和BKI1的转录也均被有效的抑制。本研究还建立了一套TALE的诱导表达系统,并将其命名为iTALER。iTALER以pTA7002载体为骨架,可以很好地兼容Unit Assembly系统。通过用不同浓度地塞米松对植物材料进行处理,TALE可以实现不同程度的表达,从而对靶基因进行不同程度转录抑制。通过实时荧光定量PCR,对外源靶基因GFP的mRNA水平进行检测,发现GFP的表达量随地塞米松处理浓度的升高而降低。进一步采用可变角度全内反射荧光显微术(variable-angle total internal reflection fluorescence microscopy,VA-TIRFM),对iTALER-GFP转化的后代植株中定位于细胞膜中的BRI1-GFP进行观察,发现BRI1-GFP的密度及单位面积荧光强度都随着地塞米松处理浓度的升高而降低。说明在不同浓度的诱导剂处理下,iTALER体系可以实现对靶基因不同程度的表达抑制。
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