【摘 要】
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该论文总结了DOCK(99)的开发研制工作.DOCK(99)由C语言编写,其母体是从DOCK(96)(FORTRAN程序)翻译而来.作者分析比较了几种目前较成功的氢键能计算函数,对MM3(94)的氢键计算
【出 处】
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中国协和医科大学 北京协和医学院 中国医学科学院 清华大学医学部
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该论文总结了DOCK(99)的开发研制工作.DOCK(99)由C语言编写,其母体是从DOCK(96)(FORTRAN程序)翻译而来.作者分析比较了几种目前较成功的氢键能计算函数,对MM3(94)的氢键计算函数加以简化改进,在DOCK(99)的分子相互作用能计算函数中增加了氢键项.应用DOCK(99),对HIV蛋白酶与其一系列抑制剂结构进行分子对接,发现范德华作用和氢键作用共同驱动对接后的分子间相互作用能,大多比范德华作用单独驱动对接后的能量低,并且发现氢键作用能与配体分子的抑制常数之间有一定的关系,当氢键作用能较低时,抑制常数也相对较低.因此在设计HIV-1蛋白酶抑制分子时,引入可形成氢键的原子或基团,使结合更紧密,从而提高活性.
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