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从形而上学与物理学的角度,来展示笛卡尔哲学的机械论向度,或者说,来分析、诠释笛卡尔的机械论哲学,是本文的目的。与亚里士多德的自然哲学相比,笛卡尔将“机械学”的内部原则扩张到整个自然科学,并且,他使用“灵肉二分”这一形而上学原则来标定、固化此番理论变更,由此造成了一种世界观的转变;而与同时代的经验论的机械论学说相比,笛卡尔因其坚持“灵肉二分”的形上原则而使得其学说具有鲜明的系统性与彻底性。由此,澄清笛卡尔哲学的形而上学基础,将是我们理解笛卡尔机械论哲学的首要步骤。与建立与旧的亚罩士多德自然哲学相对抗的机械论哲学的意图相关联,笛卡尔形而上学的最主要的目的可以概括为确立“灵魂”与“物体”的二元划分。而要理解笛卡尔形而上学为了达成这一论断所经历的整个思想历程,我们必须从其思想未出现形而上学转变的早期开始溯源。在Regles时期,笛卡尔的哲学表现为一种以“直观”为基础的认识论,这其中,“直观”通达事物真理的能力不被怀疑;而在形而上学时期,笛卡尔全部论证的开端便起源于对于“直观”提供客观知识能力的怀疑,笛卡尔将这种怀疑称之为“夸张的怀疑”。于是,只有澄清了“夸张的怀疑”的内在机制才能让我们了解作为终结了整个怀疑程序的“我思”的内涵:思维以“意志”和“知觉”为组成部分,而只有体现了人的自由意志的思维才能够被称作“灵魂”的本质。这成为笛卡尔机械论哲学的第一个形而上学之根。接下去,笛卡尔便要证明“物体”的本质及其存在。而为了证明灵魂与物体的二元划分,笛卡尔不仅需要指出,在人类意识中存在有“物体”的观念并且它也以“广延”为本质,更重要的是,他要证明这种有关“物体”的“广延”观念所表象是外在于人类意识而独立存在的客观物体。这是一个由“物体”观念到“物体”本身的知觉的客观化过程,因此,笛卡尔最终的论断也需要以“知识的确定性原则”(所有我们清楚分明的认识的事物都是真的)——一种知觉的客观化原则而并非真理的标准——为保证。于是,在澄清了“知识的确定性原则”的准确内涵、笛卡尔哲学中真理的标准,以及笛卡尔对于物质存在的证明等相关论证环节之后,我们发现,在笛卡尔哲学中,物体的本质是其运动具有“受迫性”(即缺乏自由意志)的广延。灵魂具有自由意志,以“思维”为本质;而物体没有自由意志,以“广延”为本质。笛卡尔的这一二元论的形而上学之根,是其具体机械论的物理学实践的基础。与牛顿物理学相比,笛卡尔之所以反对以具有超距作用的“万有引力”来解释天体间的相互作用,就是因为,他认为“万有引力”根源于能够当人主动地作出“有意的行为”时所使用的力的类比。在笛卡尔体系中,这种力体现了人的自由意志,是“灵魂”与“物体”之间的作用,所以,它便不能够被类比到同是作为物体的“天体”之间。而与亚里士多德的物理学相比,如果我们将“目的因”与“自由意志”问题相关联,则会看到亚里士多德物理学与笛卡尔物理学的更为深刻的分歧。与此相关联,笛卡尔对于“生命现象”的激进的机械论观点,也与他的形而上学原则有着深刻的关联:动物不具有自由意志,但是,它们却同样具有生命,因此以说明生命运动为目标的生物学同说明无生命的自然物体运动的物理学相同,不需要机械论以外的其他原则。