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红曲菌(Monascus spp．)是我国重要的微生物资源，在我国已有上千年的使用历史，被广泛用于食品发酵剂、食品着色剂和中药配伍的生产。由于红曲菌在发酵过程中能产生多种具有生理活性的代谢产物：如红曲色素、Monacolin类物质、γ-氨基丁酸以及多种酶类，近年来，国内外关于红曲菌及其代谢产物的研究成为热点。但是，关于红曲菌的分类，特别是属以下种的分类鉴定仍然存在许多争议和混乱，这对于红曲菌的研究和应用是不利的。随着分子生物学技术的发展，分子标记技术作为传统分类鉴定方法的补充正逐步引入红曲菌菌种鉴别和亲缘关系研究中。本研究以67株红曲菌为材料，从形态学、生物化学、分子生物学等方面探索了红曲菌菌种的鉴别方法，以期为红曲菌菌种鉴别和亲缘关系研究提供借鉴。主要研究结果如下：1．从全国各地采集了24份样品，经分离纯化，获得53株红曲菌株；索要和购买得到14株红曲菌菌株作为参考菌株，共67株菌株。根据李钟庆等人的分类方法，通过观察菌落形态和显微特征，初步鉴定这些菌株中有39株安卡红曲菌(M．anka)、9株紫色红曲菌(M．purpureus)、7株丛毛红曲菌(M．pilosus)、4株巴克红曲菌(M．barkeri)，另外，还有橙色红曲菌(M．aurantiacus)、发白红曲菌(M．albidus)、烟灰色红曲菌(M．fuliginosus)、红色红曲菌(M．ruber)、新月红曲菌(M．lunisporas)和阿根廷红曲菌(M．argentinensis)各1株，共10个种。另有2株(M-3和M-26)归属关系待定。2．在形态学鉴定基础上，从上述67株菌株中选出51株(14株参考菌株和37株分离菌株)代表性菌株进行了酯酶同工酶分析。结果表明，不同种间的酯酶同工酶电泳带型具有多样性，种内菌株间带型基本一致，与形态鉴定结果基本吻合。聚类分析结果显示，在相似水平为70％处，51个菌株分为4个群：橙色红曲菌、发白红曲菌、烟色红曲菌、巴克红曲菌和丛毛红曲菌为一群；紫色红曲菌、安卡红曲菌、红色红曲菌为一群；新月红曲菌和阿根廷红曲菌各代表一群。3．从14条ISSR引物中筛选出7条引物(808~#、810~#、811~#、834~#、835~#、841~#、842~#)对上述51株红曲菌进行PCR扩增。7条引物共扩增出108条带，其中97.2％呈多态性，相似系数范围为0.48～1.00。在相似水平为70％处，51个菌株分为4个群：发白红曲菌、烟色红曲菌、巴克红曲菌和丛毛红曲菌为一群；橙色红曲菌、紫色红曲菌、安卡红曲菌、红色红曲菌为一群；新月红曲菌和阿根廷红曲菌各为一群。4．从30对SRAP引物中筛选出8对引物(mel-em2、mel-em4、mel-em5、me2-em4、me3-em2、me3-em6、me4-em4、me5-em6)对51株红曲菌进行扩增。8对引物共扩增出183条带，其中94.5％呈多态性，相似系数范围为0.46～1.00。聚类分析结果与ISSR分析结果类似，在相似水平为70％处，51个菌株分为4个群：发白红曲菌、烟色红曲菌、巴克红曲菌和丛毛红曲菌为一群；橙色红曲菌、紫色红曲菌、安卡红曲菌、红色红曲菌为一群；新月红曲菌和阿根廷红曲菌各为一群。5．对51个菌株进行IGS扩增。结果显示，所有供试菌株均未能扩增出IGS2片段，但均扩增出清晰稳定的IGS1片段，并且具有很好的多态性，相似系数范围为0.42～1.00。聚类分析结果显示，在相似水平为70％处，51个菌株分为3个群：紫色红曲菌OUT2011、OUT2014和分离菌株M-8、M-10、M-17、M-18、M-19、M-20、M-21为一群；新月红曲菌CBS113675为一群；其它菌株为一群。研究结果显示，ISSR、SRAP和IGS标记技术均能在一定程度上区分不同的红曲菌种，可以作为红曲菌菌种鉴别的辅助手段。并且亲缘关系分析结果有助于鉴别疑难菌株。