鸡1号染色体167-179Mb区域选择信号及FOXO1基因关联分析

来源 :华南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tinnagirl
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近年来,在基因组水平上进行正向选择信号的检测已经成为遗传学一个重要内容。正向选择是以中性假说为零假设,计算相关的统计量,检测这些统计量与中性假设的情况是否相符。本实验室的谢亮通过全基因组关联分析(genome-wide associationstudy,GWAS),发现在鸡的一号染色体上167-179Mb存在大量的SNP位点与鸡的生长性状有关,同时发现在FOXOl基因两侧有两个位点rs13973515(8.9 Kb U FOXOl)和GGaluGA055359(1.9 Kb D FOXOl)跟鸡的多个生长性状存在显著关联,由此将FOXOlA基因列为一个重要的候选基因进行研究。本实验以华南农业大学杏花鸡×隐性白羽洛克鸡全同胞资源群F2代共554个个体和7个群体(温氏白洛克群体、博罗白洛克群体、杏花鸡、白耳黄、竹丝鸡、红色原鸡和清远麻鸡)为材料,进行正向选择和关联分析方面的研究。本研究首先选择温氏白洛克鸡、博罗白洛克鸡、杏花鸡、白耳黄鸡、竹丝鸡和红色原鸡6个群体,对谢亮全基因组关联分析中在167Mb-179Mb区域内发现的53个位点进行分型,研究其群体遗传结构。利用Fst参数对53个位点在白洛克鸡和中国地方品种之间进行比较,发现这53个位点在白洛克鸡群体和中国地方品种间的遗传分化差异很大,大部分的位点Fst>0.1,其中GGaluGA054000,rs14920630,rs13554512和rs13555091的Fst值均大于0.5,显示出极强的群体间遗传差异。通过对这53个位点的EHH分析,发现白洛克群体中存在一个核心单倍型块,而中国地方品种间不存在这个核心单倍型块。另外,本实验利用华南农业大学杏花鸡×隐性白羽洛克鸡全同胞资源群F2代对候选基因FOXOlα进行关联分析研究。在该基因5’端,3’端和基因内部筛选了24个SNP位点,通过SAS进行关联分析发现,2个位点与鸡的多个生长性状有关。其中,rs14918185与4-8周龄的日增重、56日龄体重与SL42,SL56显著关联;rS13973574与翅重显著相关。这说明FOXOl基因在鸡的生长发育过程跟生长性状起到重要作用。
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