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核糖体是细胞中十分重要的细胞器，其各组分的合成随着细胞生长条件的改变而受到严紧控制。比较研究酵母、人类和拟南芥核糖蛋白基因的结构发现，酵母和拟南芥核糖蛋白基因启动子上游分别都有普遍的、有着位置偏好性的，相对于全基因组来说显著的转录因子结合位点。然而，与这两个物种不同的是，并没有在人类核糖蛋白基因启动子上游发现普遍的转录因子结合位点。但是发现人类核糖蛋白基因上游区域靠近转录起始位点附近有着高密度的寡聚嘧啶分布，暗示着翻译调控对人类核糖蛋白基因表达的重要性。同时，三种物种的核糖蛋白基因翻译起始密码子离最近的外显子内含子交界的距离与全基因组比较相对较小，而且相对于全基因组来说，该最近内含子的剪切位点附近序列和起始密码子附近序列都有比较保守的特征，预示着内含子和起始密码子识别在核糖蛋白基因的协同表达中有着重要的作用。