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保存至今、举世闻名的石林喀斯特景观主要发育于地质构造控制下的路南古湖盆区域内，而且在分布上具有向古湖盆中心集中的趋势，是第四纪环境变化的产物。石林喀斯特景观形态及其组合的多样性可能是方解石和白云石的溶蚀差异及所处地貌部位的土壤结构和水动力条件差异造成的。从石林喀斯特的发育过程看，大致分为孕育期（始新世-早新世）和石林发育期（中更新世-晚更新世）和剥蚀出露期（晚更新世-全新世）三个阶段。石林喀斯特是巴江流域与南盘江沟通后，由于侵蚀基准面下降，天生桥裂点以下地区地貌回春发育，地表、地下水联系加强，东西向地下水系统成为地表水向下渗流和输送、搬运的溶运物的重要通道。溶解大量丰富的生物-土壤成因的CO2的大气降水具有很强的溶蚀性，向下渗透，以垂向运动为主，对下伏茅口组和栖霞组灰岩、白云质灰岩不断溶蚀，塑造出各种土下溶蚀形态。洞穴研究和石笋研究表明，晚更新世-全新世在暖湿气候的背景下，气候的波动变化和降雨的季节变化叠加在一起，使本区发生数次洪水泛滥事件，造成表土的快速剥离而使土下溶蚀形态不断出露地表并经地表溶蚀改造，形成目前看到的石林喀斯特景观。同时，也从地质方面证明了彝族撒尼人关于洪水泛滥的传说是可信的。
撒尼人的创世史诗——《洪水滔天史》和《尼谜诗》记载了大理冰期前后的气候变化信息，即气候干热→冰雪时代→气候暖湿。全新世出现的暖湿气候经历了转暖→炎热干燥→温暖多雨的变化，在这一时期发生了干旱事件和洪水事件。洪水事件的发生时间大致在距今5000～4000年左右，史诗描述了洪水退却的原因和洪水退却后的地貌变化，表明全新世是石林喀斯特剥蚀出露的重要时期。同时，石林地区的喀斯特地理环境对世代居住在这里的撒尼人产生了深刻地影响，形成独特的民族风俗，并沿袭至今。