环介导等温扩增法快速和实时检测金黄色葡萄球菌的研究

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金黄色葡萄球菌是引起细菌性食物中毒和院内感染的一种主要病原菌。因此,对金黄色葡萄球菌的检测技术的开发具有较高的应用价值。环介导恒温扩增方法(LAMP)扩增特异性核酸序列,具有高特异性、高灵敏性、简便、快速和低成本的特点,已在诸多领域广泛应用。本文选择了金黄色葡萄球菌稳定携带的特异基因——凝固酶编码基因coa作为LAMP方法检测的靶序列,并针对coa基因使用Primer_Premier_v5软件通过与GeneBank已公布的93条同源序列的比对结果设计了特异性LAMP引物。引物序列分别为:F3,5-GCTGGCCCAACACAAAACAAG-3;B3,5-GTCGCAGTACCATCTGCATG-3;FIP,5-CGCTTGGCTTCTTGTATGTCGGGCGCATATAACGTAACAACACATG-3;BIP,5-CAACGTACAACACATGCAAATGGGCGTTTGTTTCGCTTGGC-3;LF,5-GGTCAAGTATCATACGG-3;LB,5-CATATGGCGCTCGCCCGACAC-3。   本文对LAMP用于检测金黄色葡萄球菌的技术方法、检测效果和实际应用进行了研究:确定了金黄色葡萄球菌的培养方法、菌体计数方法、染色体DNA提取,并制备了菌裂解液和DNA提取液,分别作为LAMP检测的模板。通过对反应体系各成分浓度的摸索确定最佳反应体系。通过对金黄色葡萄球菌的4株标准菌株、7株分离株和33株非金葡菌菌株的检测证明本方法具有良好的特异性。本实验获得的检测低限为5.6×101CFU/管,其灵敏度比普通PCR方法至少提高了100倍。或与实时荧光PCR仪相结合,通过检测已知模板浓度的10倍梯度稀释液并对其时间阈值做线性回归,得线性方程y=-1.8721n(x)+54.5 andR2=0.9887,再通过实际样品的时间阈值实现半定量检测,实时LAMP的检测限更是达到了1.4 CFU/管。本方法将快速细菌培养、简化的三步法基因组抽提和环介导等温扩增结合起来,可以短暂增菌、微波裂解细菌释放核酸和一小时等温扩增后直接凭借肉眼观测浊度或荧光染料颜色变化来判断检测结果,也可利用实时LAMP获得反应扩增曲线和时间阈值。本研究结果表明,LAMP是具有高特异性、高灵敏性、简便、快速和低成本的检测食品中金黄色葡萄球菌的方法。
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