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现代医药产业是一个以R&D为基础，并且日趋国际化的工业部门。其发展主要靠大量投入的R&D费用所维持的医药R&D工作所驱动。制药企业作为医药R&D投资的主体是我国企业建立现代企业制度和适应市场竞争的需要。
目前，我国制药企业R&D力量相对薄弱，没有充分发挥其作为R&D主体的作用。而且到目前为止，我国制药企业还没有形成系统的R&D绩效评价体系。本文通过查阅国内外相关资料，并结合对华北制药集团的实地调研获取的第一手资料，立足于微观层面的制药企业，以提高R&D绩效为目标，研究我国制药企业R&D活动的绩效评价问题及对策。
本文主要研究内容包括三部分：绩效评价研究、实证研究和对策研究。在绩效评价研究部分，首先根据制药企业R&D活动投入产出的特点及咨询专家的结果选定指标，将各个指标按投入、产出归并汇总，构建制药企业R&D绩效评价指标体系。在此基础上，运用层次分析法分别确定各项投入指标和产出指标的权重，并运用模糊物元法对我国制药企业R&D绩效投入产出能力进行模糊物元评价，最后计算出我国制药企业R&D绩效综合评价指数。
在实证研究部分，运用绩效评价研究部分提出的指标体系和评价方法，对华北制药集团2001年的R&D绩效进行了实例计算和综合评价，并针对华药集团R&D现状和不足提出了提高其R&D绩效的对策和建议。
在对策研究部分，针对目前我国制药企业R&D活动存在的问题，从我国制药企业自身出发，研究提高R&D绩效的对策。提出了我国制药企业R&D团队绩效的激励模型和我国制药企业跨组织合作R&D外包的合作博弈模型。
本论文的创新点在于：(1)根据制药企业R&D活动投入产出的特点，本着实用性和可操作性的原则，构建我国制药企业R&D绩效评价指标体系。(2)基于投入产出的对比分析，运用模糊物元分析法提出我国制药企业R&D投入能力和产出能力的计算方法。(3)建立了我国制药企业R&D团队绩效的激励模型。结合制药企业R&D人员的特点，指出我国制药企业R&D团队是情感经济人的团队，修正了团队激励模型关于纯经济人的效用函数，加入了情感效用部分。并基于霍姆斯特姆(Holmstrom,1982)的团队激励理论，修正了分配机制，提出了改进的解决免费搭车问题的激励模型。(4)建立了我国制药企业跨组织的项目小组研发外包的合作博弈模型。从分析适合我国制药企业现状的跨组织合作研发的组织形式入手，提出我国制药企业跨组织的项目小组采取R&D外包的形式进行合作研发。并基于非对称信息理论，建立了我国制药企业跨组织的项目小组研发外包的合作博弈模型，分析了博弈双方的合作策略。