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糙皮侧耳Pleurotus ostreatus(Jacq.)P.Kumm.为我国最主要栽培的食用菌种类之一，年产量达546万吨。然而，对我国糙皮侧耳菌株品种名混乱的问题、遗传多样性特点等认识不足。对我国糙皮侧耳菌株进行种系鉴定，揭示其种质资源的遗传多样性，开发能够表征其产量性状的分子标记，对今后优良菌种的选育和产业发展，具有较重要意义。 (1)本研究基于SCoT分子标记，对糙皮侧耳进行菌株鉴定研究:利用正交设计方法，对SCoT-PCR反应体系进行了优化，建立了糙皮侧耳的SCoT-PCR反应体系。运用9个SCoT引物，对糙皮侧耳菌株进行PCR扩增和电泳检测，据此数据，建立了我国糙皮侧耳菌株的分子指纹，并发现在供试菌株中，有13.33％的菌株出现了品种名混乱的现象。 (2)基于SCoT分子标记和表型性状，对糙皮侧耳菌株的遗传多样性和表型性状进行了分析:利用9个SCoT引物对56个菌株进行遗传多样性研究，共得到67条条带，其中多态性条带51条，多态性比率为76.12％，Neis基因多样性指数(H)为0.211，表明糙皮侧耳菌株的遗传多样性水平较高。UPGMA聚类结果表明，在欧氏距离6.22处，基于14个表型性状可以将供试的31个菌株分为4类，其中，第一类子实体颜色深，个别为白色子实体，菌柄多粗短，菌盖大，肉质肥厚，子实体发生量较大且出菇整齐。这一类菌株是较为理想的可推广应用的菌株，为将来得到高产优良的糙皮侧耳菌株打下了良好的基础。 (3)表征菌株产量的生理指标或分子标记探讨:为提高糙皮侧耳栽培的产量，缩短栽培周期，本研究探讨了表征菌株产量的相关生理指标或分子标记。选取10个菌株探究其PDB液体培养阶段的漆酶活性与糙皮侧耳菌株产量的关系，发现在PDB液体中菌丝体漆酶活性与其子实体产量相关性并不显著，即PDB液体培养阶段漆酶活性并不适宜表征糙皮侧耳菌株产量。而后，对糙皮侧耳的31个菌株进行分析发现，SCoT引物S11或其与另外4个引物的组合可以表征糙皮侧耳产量。 综上所述，本研究揭示并解决了我国糙皮侧耳菌株中品种名混乱的问题，建立了糙皮侧耳主栽菌株的分子指纹;发现菌株间的遗传多样性水平较高，各菌株的产量差异也较大，其中有一类菌株产量较高;发现PDB液体培养阶段糙皮侧耳菌株的漆酶活性并不适宜表征各菌株的产量，而有5个SCoT分子标记却可用于表征其产量。