【摘 要】
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利用全基因组鸟枪测序所得数据，重新组装了水稻的籼型(93-11)和粳型(PA64S)叶绿体基因组，其长度分别为134，496bp和134，551bp。我们将叶绿体基因组序列的变异分为两类，即品种内的多
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利用全基因组鸟枪测序所得数据，重新组装了水稻的籼型(93-11)和粳型(PA64S)叶绿体基因组，其长度分别为134，496bp和134，551bp。我们将叶绿体基因组序列的变异分为两类，即品种内的多态性和亚种间的多态性。品种内的多态性由93-11或PA64S自身叶绿体基因组里的Minor和Major两种基因型构成；亚种间的多态性通过比较93-11和PA64S叶绿体基因组的Major基因型获得。我们发现构成93-11或PA64S品种内多态性的Minor基因型在对应的PA64S或93-11里常常又变成了Major基因型。在籼型和粳型叶绿体基因组之间共存在72个单核苷酸多态性位点和27个插入或缺失变异，其多态性频率分别为0.05％和0.02％，比所对应的核基因组多态性频率分别低了8和10倍。以两个亚种间叶绿体之间的核苷酸替换的数目为基础，我们估算了籼稻叶绿体和粳稻叶绿体基因组的分化大约在86，000年-200，000年前。
功能基因组学及其相关技术的发展，使得我们可以从全基因组基因表达水平探讨杂种优势和光温敏雄性复育机理。利用基因芯片技术分别构建了杂交稻(LYP9)及其亲本(93-11和PA64S)在不同生长发育时期和不同组织器官的基因表达谱。通过初步比较分析发现，显性效应、超显性效应以及共显性效应在杂交稻的杂种优势表现中都起一定的作用。整体上说大部分基因的表达趋势在杂交稻和双亲间是一致的并且表达水平比较低，部分的基因表达量比较高且在不同生长发育时期存在明显的动态变化。在这些有动态变化的基因中，多数基因在杂交稻中的表达趋势倾向于父本9311，也有少数杂交水稻的基因表达趋向于母本PA64S。
光温敏雄性核不育系是两系法推广水稻杂种优势的关键，论文分别采用大规模EST测序和Microarray两种技术手段对光温敏雄性核不育系PA64S在高温长日(可育)与高温短日(不育)条件下的基因表达谱进行了比较分析，分别发现了一些在可育幼穗与不育幼穗里高表达或特异表达的基因。由此揭示的部分在核糖体组装、线粒体形成以及细胞壁组成中有重要作用的差异表达基因为PA64S光温敏雄性核不育育性恢复机理的细胞学研究提供了可能的分子依据。
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