黑龙江省北京家族结核分枝杆菌SNP分型的研究

来源 :哈尔滨医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:szhg5583
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目的:确定黑龙江省北京家族结核分枝杆菌的ST型和古代/现代亚型及其流行情况;分析亚型之间的进化及亚型与耐药的关系。  方法:扩增包含10个目的SNP位点的基因片段,测序后与H37Rv相应片段的比对,获得本地区北京家族结核分枝杆菌的ST型;PCR反应扩增mutT2基因第58位密码子的基因,根据其是否发生突变,可确定新发现ST型菌株的古代/现代亚型;使用MEGA(5.2)软件,采用最大似然法,根据SNP位点的突变情况,生成进化树;使用SAS9.1软件,采用Fisher检验,分别统计耐药组和全敏组,MDR组和全敏组在各主要ST型之间有无差异。  结果:①SNP1548149位点在本地区无多态性,剩余9个SNP位点有较好的多态性。②9个SNP位点将黑龙江地区250株北京家族结核分枝杆菌分为10个ST型,分别为ST11、ST26、ST3、ST25、ST19、 ST10、STF、ST22和ST8型,ST-CH1为新发现的亚型,所占比例为4.0%; ST10和ST22型所占比例最大分别为63.2%和23.6%。③8个SNP位点构建的进化树显示,ST-CH1进化上处于ST10和ST22之间。④ST11、ST26、ST3、ST25和ST19属于古代型北京家族结核分枝杆菌,ST10、STF、ST-CH1、ST22和ST8属于现代型北京家族结核分枝杆菌。2007-2009年中,现代型所占比例分别为90.0%、91.6%和94.6%。⑤在ST10与ST22之间,MDR组和全敏组无明显统计学差异(p=0.2304);耐药组和全敏组无明显统计学差异(p=0.4695)。ST10中MDR菌株所占比例(45/159,28.3%)低于全敏菌株所占比例(63/159,39.6%),ST22 MDR菌株所占比例(10/59,16.9%)低于全敏菌株所占比例(24/59,40.7%)。  结论:①9个SNP位点适用于黑龙江省北京家族结核分枝杆菌基因分型,8个位点适于分析进化。②本地区共检测出10种ST型,主要ST型为ST10和ST22,新发现ST型为ST-CH1,且流行的北京家族菌株以现代型为主。③药物敏感性在主要ST型ST10和ST22之间无统计学差异,且此两种ST型菌株中,MDR比例均低于全敏比例。
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