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内部控制从最初的内部牵制到现在被人们普遍接受的内部控制整体框架，已经经历了很长的历史阶段，其研究内容包括会计、审计、以及管理等方面，虽然已突破了传统会计控制的范围，但主要还是对一般员工和中层员工以及物资资源的管理控制，对高层管理人员的控制(即治理层面的内部控制)并没有纳人整个控制体系。
公司治理结构是现代企业制度中最重要的组织框架，其内容主要包括外部公司治理机制及内部公司治理机制两个层次。我国公司治理存在诸如国有股一股独大所引起的股东大会、董事会、监事会形同虚设和“内部人控制”等问题，笔者认为，我国内部控制治理中的内部控制不完善是其关键所在。
公司治理作为现代企业理论的重要组成部分，涵盖了企业制度、公司管理等各领域，是关系到企业生存发展的重大战略问题；而内部控制作为企业管理的一个有机组成部分，在防止会计信息失真，提高企业经营效率等方面有着举足轻重的作用。然而，它们并不是独立的，公司治理与内部控制在相互影响相互促进中不断发展和完善。从历史来看，公司治理与内部控制可以说是相伴而生、共同成长的，它们有着悠久的历史渊源。发展至今，它们在最终目标、包含内容以及实现手段等方面都有许多的共同点。从现实意义来看，随着经济环境及公司结构规模的发展，传统的只注重对企业内部会计方面的控制已远远不能满足内部控制最终要为实现企业目标服务的要求。有研究表明，企业内部犯罪问题正在向新的领域和方向蔓延：内部犯罪问题正从传统的财务或供销部门向企业中的更多职位扩散；人力资源总监、行政助理、研发人员内部犯罪的比率正在上升；内部犯罪也正在从普通员工、中层经理向高级经理乃至企业的最高领导人蔓延，导致内部控制失败的一个很重要的原因就是公司治理问题，这是内部控制的基础。从理论上说，公司治理结构是促使内部控制有效运行、保证内部控制功能发挥的前提，而内部控制在公司治理结构中担当的是内部管理监控系统的角色，两者的发展是同步的，两者之间也是相互影响相互促进不可分割的。从实践中看，实务界许多人士以为内部控制就是一堆堆的手册、文件和制度；也有些企业认为内部控制就是内部成本控制、内部资产安全性控制等；有的企业则对内部控制还没有概念。从几年前的郑百文案、巨人集团衰败、郑州亚细亚关门、广东国投倒闭，到最近发生的中航油巨额亏损、四川长虹巨额应收款欠款案、伊利股份高管被拘风波、创维数码董事局主席被捕以及金正数码和深圳石化原董事长被捕事件等，无不显示出那些出现内部控制无力或失效的企业一般都在企业管理上比较薄弱，缺乏有效的公司治理。由此可以判断出内部控制失效的深层次原因在于企业缺乏完善、健全的公司治理系统，内部控制的执行和作用的发挥都离不开公司治理。因此，内部控制有必要与公司治理结合起来，从公司治理角度来看内部控制，来完善内部控制，从根源上提高内部控制质量。本文试图从公司治理和内部控制有效结合的角度出发，将公司治理和内部控制两者结合起来研究探讨，通过完善治理层面上的内部控制来解决诸如：“内部人控制”，内部控制系统失效等现象，从而完善我国的内部控制系统，建立有效的内部控制体系。
本文共分四个部分。
第一部分：对我国目前提出结合公司治理来研究内部控制的必要性作出解释，同时介绍了研究公司治理与内部控制关系的文献资料。从国内学者的研究情况来看他们对内部控制与公司治理的关系、不同治理结构下内部控制的效率以及如何通过公司内部治理结构和机制来克服内部控制的局限性，完善内部控制机制等方面研究成果。
第二部分：公司治理与内部控制关系的理论概述。首先介绍了内部控制的基本理论，回顾了内部控制的四个发展阶段，在此基础之上，对内部控制的定义作出了界定，同时还详细分析了内部控制的目标。然后从国内外许多学者对公司治理的理解出发，陈述公司治理的内涵。最后指出公司治理与内部控制之间相互联系不可分割的关系。
第三部分：研究我国目前的公司治理状况下内部控制存在的缺陷，主要是结合众多的经典案例来研究他们内部控制失效的深层次原因，通过这些案例提出目前我国内部控制中存在的缺陷，主要是我国的大多数企业在建立内部控制系统时没有很好的将公司治理结合起来，导致内控虚设，执行不力。
第四部分：对完善我国的内部控制系统提出建议。针对第三部分中提出的问题寻求解决方案，完善治理层面上的内部控制，即从董事会、监事会以及激励约束机制等具体方面来完善治理层面上的内部控制，从而形成完善的内部控制体系。