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本文以技术创新学、经济学、行为学等理论为基础，对企业和大学这两种不同类型组织之间的合作创新的机理展开了分析和研究。
企业大学的合作创新不仅具有公有品属性，也具有私有品的属性，并且，随着合作的演进，这种双重属性呈现动态的、互补的变化。这种兼具公有-私有的双重属性是由合作的主体、客体的性质所决定的。论文从三个层面分析了合作主体具有的不同资源禀赋、不同行为模式以及性质等；阐明了合作客体的构成是其性质产生的重要根源；指出了企业大学合作组织是介于企业、市场之间的中间组织，而且，不同合作模式构成从市场到企业的、连续的组织谱系；还提出了企业大学合作创新的主要特征，包括：双方资源的互补性、双方信息的不对称性、合作创新的高不确定性、合约的不完全性、合作的高交易成本性等。
在对企业大学合作创新的演进过程进行概括，并从技术转让、委托开发、联合开发以及共建实体的阶段特征进行分析的基础上，论文提出了合作创新的过程是一个创造性地解决问题的微循环过程。
本文根据合作创新性质的演进，运用委托代理理论构造了企业大学合作的利益分配模型。并对不同阶段，合作属性的变化与分配方式选择之间规律进行了推导演绎，得出了一些有益的结论。
论文提出了企业大学合作创新的知识分享概念，综合分享模型、保障知识分享的制度措施，提出了基于分享的合作创新的知识管理系统的概念模型。
论文对企业大学创作创新过程中的冲突及其成因进行了分析，指出了冲突管理重在管理，而不是控制或解决冲突的思想；提出了冲突管理的策略及模式。
关于企业大学合作创新的实施主要从创新选择、政府作用以及实施有关措施等方面展开。论文从合作意图、合作伙伴以及合作模式等三个方面对选择进行了详细阐述，并提出了合作选择的SOEC模型。论文分析了政府介入企业大学合作创新的主要原因在于其具有的外部性，对政府作用进行了全面设计，提出了作用的总体思路、作用领域及政策建议等。论文最后提出了合作创新实施的十项措施。