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随着社会的不断进步，高校的不断发展，在高校治理中学术权力与行政权力的关系不明确、边界不清晰，已经影响到高校治理水平的进一步提高。人才培养、科学研究和社会服务是高校的三大功能。构建合理的学术权力与行政权力关系机制，对于高等院校的三大功能功能的充分发挥有着非常巨大的意义。合理的权力机制有利于学术自由，为学术发展能提供广阔的空间，为高校繁荣做出巨大贡献，为学术发展和精神文明的弘扬做出巨大贡献，有利于高校科学研究功能的发扬。合理的权力机制给予行政权力合理的权力分配，使其更加充分发挥其职能，及辅助学术活动的进行，使高校培养出更多优秀的人才，有利于高等院校培养人才的功能发挥。合理的权力机制使得学术人员能够自主地参与社会服务，正确把握社会服务的方向，更能调动学术人员的积极性，有利于高校顺应学术的发展，实现服务社会的功能。本文从高校组织结构特点和高校内部事务出发，界定了学术权力与行政权力的概念，分析二者的辩证关系，以及我国现阶段高校治理中学术权力与行政权力的关系、存在问题和原因分析，在此基础上分析了国内外不同国家高校权力关系模式的特点，针对问题，从我国现实出发，提出重新调整我国高校权力配置模式的途径：按高校事务性质不同进行权力分配；健全学术组织机构，提升高校学术权力；建立权力制约监督机制，保障权力正确行使；构建扁平化的事业部制结构；权力重心下移，基层学术自治；权力相互协调，决策过程民主。