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油菜是重要的油料作物,提供我国居民消费60%的植物油脂。油菜萌发期是盐逆境耐受力最低的时期,盐胁迫对油菜的萌发和生长产生严重的影响。本研究以包含214份广泛遗传变异的甘蓝型油菜自然群体为研究对象,对甘蓝型油菜萌发期的5个表型进行考察,并用统计学的方法进行表型变异分析,结合19167个SNP标记进行全基因组关联分析,研究结果如下:群体结构和亲缘关系分析:群体结构分析表明该群体可分为P1,P2两个亚群,其中26个材料归属P1亚群,占群体的12.15%,材料主要来自于中国西部,剩余的188份材料归属于P2亚群,占群体材料的87.85%,主要来源于中国南部。群体内材料间亲缘关系小于0.05的占68%,其中55%亲缘关系为0,说明材料间不存在明显的亲缘关系。甘蓝型油菜萌发期耐盐全基因组关联分析:通过K模型、Q模型以及K+Q模型的对比,最终确定Q+K模型为实验的最佳模型。在最佳模型下检测到6个与相关位点,其中,与相对发芽率相关的位点有3个;与相对茎长相关的位点有1个;与相对鲜重相关的位点有2个,但没有检测到与相对发芽势和相对根长相关的位点为了尽可能的检测出可能与这两个耐盐指数相关的位点,选择K模型和Q模型作为统计模型进行检测,共检测到24个相关位点,其中,与相对发芽势相关的位点有15个;与相对根长相关的位点有8个。这些位点分布于除了A2、A4及A7以外的其他16条染色体上,表型解释率（R2）范围为0.061（Bn-scaff221831-p675530）0.1196（Bn-A06-p2307291）,这些位点与甘蓝型油菜萌发期耐盐性状存在可靠关联。