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土地是城乡建设事业的基础，也是城乡一切经济社会活动的基础。通过土地征收征用和房屋拆迁获得建设用地，是我国当前城乡建设用地取得的主要方式。随着我国城乡建设事业的快速发展，城乡建设对土地资源的需求逐年持续增加，城镇和乡村房屋拆迁的数量也随之不断增多。但同时，国有土地和集体土地房屋拆迁补偿标准也出现了普遍的、不合理的差异，特别是房屋拆迁过程中集体土地房屋所有人所获得的补偿过低，严重的损害了产权人的合法权益，有碍于“公平补偿”原则的实现，并引发了一系列的社会矛盾冲突。
本文从当前国有土地与集体土地房屋拆迁补偿标准比较入手，在明确了拆迁补偿实质的基础上，对国有土地和集体土地房屋拆迁价格形成机理、运行成本、拆迁补偿范围、城乡补偿标准差异与拆迁补偿制度等进行了理论阐述。重点分析了差异产生的社会因素及历史背景，以及差异的不合理性及其危害。
本文还尝试建立了房屋拆迁补偿标准城乡差异的理论模型，分析了决定补偿标准差异的几项主要因素：宏观因素、房屋个别因素、区位影响因素，以及它们对差异值的影响。并以南京市为例，对其特点、发展趋势以及造成的不良后果进行了实证分析。
当前集体土地房屋拆迁补偿办法中，现行的由地方人民政府制定补偿标准或者说是补偿指导价的行政行为，随着我国市场经济的发展、机制的不断完善，必然渐渐远离。故此，本文提出了消除此类不合理的拆迁补偿评估标准差异的政策建议。
建议在构建城乡一体化建设用地市场的前提下，探讨设计出能够科学、客观评估集体土地房屋拆迁补偿价格的可行方案，遵循“等价交换”原则，以市场价格为基础给予被拆迁人以公平、公正甚至是完全的补偿。
故此，本文的结尾建议对当前集体土地房屋拆迁的补偿，可参考国有土地房屋拆迁的做法，引入“区位补偿”，即在原有由地方政府制定的补偿标准指导价的基础上，依据待拆迁房地产的市场评估价格增设“区位补偿”补贴，以消除其与国有土地房屋拆迁标准的不合理差异。