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日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是我国最主要的淡水经济养殖虾类，江苏省是我国日本沼虾种质资源分布广、利用高的主要省份之一。开展日本沼虾种质资源研究对其种质保护和利用、良种选育、提高养殖产量等具有重要作用。本研究共收集了江苏省五个主要湖泊37个日本沼虾野生群体，包括太湖群体15个、洪泽湖群体9个、高邮湖群体7个、骆马湖群体4个、白马湖群体2个。利用实验室自行开发的日本沼虾微卫星标记(SSR)分析了这些湖泊日本沼虾群体的遗传多样性和遗传结构，主要内容如下：1.太湖日本沼虾遗传多样性及遗传结构研究
利用微卫星标记分析了太湖湖区的庙港、渡口、陆巷等15个日本沼虾野生群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明：8个微卫星位点呈现高度多态性；经Bonferroni法校正(P＜0.003)后，各群体仍大部分有5～6个位点显示杂合不足，显著偏离Hardy-Weinberg平衡；15个野生群体表现出很高的遗传多样性水平，太湖东、南部的渡口和陆巷等群体遗传多样性高于西、北部的华庄和洋渚等群体；突变-漂移平衡分析表明，太湖15个群体部分位点杂合显著过剩，表明太湖群体部分位点偏离了突变-漂移平衡，且在近期经历过瓶颈效应，群体数量曾经下降；群体间FST及AMOVA分析表明，群体遗传分化程度低(FsT=0.0106＜0.05)，但达到极显著水平(P＜0.01)；基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树显示太湖15个群体聚成4支：太湖东部群体聚为一支，渤公岛群体与吴塘门群体各为一支，其他湖区群体聚为一支。2.洪泽湖日本沼虾遗传多样性及遗传结构研究
利用微卫星标记分析了洪泽湖湖区避风港、蒋坝、鲍集等9个日本沼虾野生群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明：8个微卫星位点呈现高度多态性；经Bonferroni法校正(P＜0.004)后,每个群体中仍大部分有5～6个位点显示杂合不足，显著偏离Hardy-Weinberg平衡；日本沼虾9个野生群体表现出较高的遗传多样性水平，洪泽湖东、南部的蒋坝和老子山等群体遗传多样性高于西、北部鲍集和界集群体。突变-漂移平衡分析表明，洪泽湖日本沼虾群体部分位点杂合显著过剩，表明洪泽湖日本沼虾群体部分位点偏离了突变-漂移平衡，但近期没有发生瓶颈效应，群体数量也没有下降。群体间FST及AMOVA分析表明，群体遗传分化程度低(FST=0.0155)，但达到极显著水平(P＜0.01)；基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树显示，地理位置相邻的群体聚在一起。3.江苏五个主要湖泊日本沼虾遗传多样性及系统进化分析
利用微卫星标记分析了江苏五个主要湖泊37个日本沼虾野生群体的遗传多样性及系统进化。结果表明；8个微卫星位点呈现高度多态性；经Bonferroni法校正(P＜0.004)后，大部分群体仍有5～6个位点显示杂合不足，显著偏离Hardy-Weinberg平衡；37个野生群体表现出较高的遗传多样性水平，太湖群体遗传多样性最高，其次为高邮湖群体，白马湖群体最低；突变-漂移平衡分析表明，五个湖泊群体部分位点杂合显著过剩，表明37个群体部分位点偏离了突变-漂移平衡，且在近期经历过瓶颈效应，群体数量曾经下降；群体间FST及AMOVA分析表明，37个群体间遗传固定指数FST介于0.0047～0.0733之间，属于中等偏低程度的分化(0.05＜Fsr＜0.15)，而五个湖泊间日本沼虾群体遗传分化程度低(FsT=0.0072)，但达到极显著水平(P＜0.01)；基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树显示，五个湖泊群体以长江为界被分为南北两个族群，其中太湖群体单独为一个族群，其他四个湖泊群体聚为另一族群。