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本文基于云南大学植物标本馆蕨类植物标本室(PYU)的馆藏标本，利用扫描电子显微镜(SEM)对蹄盖蕨科(Athyriaceae)18属共计150种12变种3变型的孢子形态进行了观察，其中54种11变种3变型的孢子为首次SEM观察。观察记录每个种的孢子裂缝类型、极面观、赤道面观，极轴长、赤道轴长、周壁纹饰等特征，并比较属间及属内种间孢子形态差异，结合蹄盖蕨科形态学、分子系统学等资料，对存在较大争议的属的分类地位等进行了分析讨论。
研究结果表明:
1.18个属的孢子均为单裂缝，两侧对称，极面观为椭圆形，赤道面观为豆形、肾形或半圆形，孢子纹饰类型主要为棒状(baculate)、块状(rugulate)、刺状(echinate)、片状(lamellate)、翅状(alate)、脊状(lophate)、耳状(auriculate)、疣状(verrucate)、网状(reticulate)、皱状(rugate)。
2.18个属中，亮毛蕨属(Acystopteris)、羽节蕨属(Gymnocarpium)、安蕨属(Anisocampium)、拟鳞毛蕨属(Kuniwatsukia)、假冷蕨属(Pseudocystopteris)、新蹄盖蕨属(Neoathyrium)、轴果蕨属(Rhachidosorus)、毛轴线盖蕨属(Monomelangium)、角蕨属(Cornopteris)、菜蕨属(Callipteris)、网蕨属(Dictyodroma)、肠蕨属(Diplaziopsis)12个属的孢子纹饰在属内比较一致，其它属的孢子纹饰则较为复杂。
3.首次发现短肠蕨属(Allantodia)有网状纹饰、刺状纹饰与网状纹饰组合、翅状纹饰与网状纹饰组合的纹饰类型。
4.在蹄盖蕨科中，羽节蕨属的孢子纹饰与染色体基数x=40的类群差别较大，而与染色体基数x=42的冷蕨属(Cystopteris)相似;轴果蕨属的孢子纹饰与其它属都不相似，是一较为独特的纹饰类型;网蕨属的孢子纹饰与染色体基数x=41的类群差异较大，而与染色体基数x=40的蛾眉蕨属(Lunathyrium)和介蕨属(Dryoathyrium)的部分种相似;肠蕨属的孢子纹饰与染色体基数x=41的类群差异较大，而与染色体基数x=40的安蕨属、拟鳞毛蕨属相近;介蕨属、蛾眉蕨属、假蹄盖蕨属(Athyriopsis)的孢子纹饰在属内差异较大，3属部分种的纹饰彼此相似，支持基于分子系统学证据而将3者归并入对囊蕨属(Deparia)的分类处理;双盖蕨属(Diplazium)与短肠蕨属许多种的孢子纹饰彼此相似，支持基于分子系统学证据而将短肠蕨属归并入双盖蕨属的分类处理。