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杆状病毒不仅具有独特的复制周期，从表观遗传学的角度来看，杆状病毒也具有一些特别之处。杆状病毒核心蛋白是具有典型类鱼精蛋白结构的P6.9，这在已知的病毒中是绝无仅有的。Wilson等人早在20多年前的研究已经初步表明P6.9与DNA形成的杆状病毒染色质具有特殊的结构。为此，本论文以AcMNPV的Bacmid重组产生的BV为主要研究对象，对杆状病毒染色质的结构及表现遗传调控进行了一系列实验研究。我们发现HDAC抑制剂对杆状病毒晚期基因表达和早期基因的表达具有不同的影响，提示P6.9形成的杆状病毒染色质与组蛋白形成的宿主细胞染色质发挥了不同的表现遗传调控作用。我们还进一步研究了P6.9在病毒染色质形成中的作用及其表观遗传调控功能。本论文丰富了以杆状病毒为代表的核心蛋白病毒染色质的分子生物学研究。
论文第一章首先综述了染色质与表观遗传学的概念和意义、主要病毒染色质的结构和功能的研究进展，较为深入的分析了病毒与宿主细胞的染色质相互作用的特点和机理，及病毒潜伏感染表观遗传治疗的主要研究进展。并介绍了杆状病毒染色质研究现状及其存在的问题和发展趋势。最后，结合对研究进展的分析提出了本论文的目的意义。
第二章中研究了HDAC抑制剂TSA和丁酸钠对杆状病毒载体介导的报告基因eGFP在Sf9细胞中早期和晚期表达的影响。发现HDAC抑制剂对eGFP在Sf9细胞中的早期表达也具有上调作用，但这种上调作用没有在哺乳动物细胞中那样明显。而HDAC抑制剂TSA对eGFP在Sf9细胞中的晚期表达没有影响，丁酸钠则严重抑制晚期启动子介导的基因表达。进一步的实验证实这种抑制作用与染色质结构和病毒DNA复制效率无关，可能与丁酸钠引发的Sf9细胞G1期阻滞有关。由于晚期启动子介导的基因表达是由病毒自身编码的RNA聚合酶调控的，并且此时大部分的转录模板是由P6.9形成的病毒染色质提供的，因此晚期基因表达和早期基因表达对HDAC抑制剂的不同反应提示P6.9形成的杆状病毒染色质发挥了独特的表现遗传调控作用。
带着以上的问题，论文第三章进一步研究了P6.9在病毒染色质形成中的作用及其表观遗传调控功能。作者构建携带了P6.9-eGFP融合基因的重组杆状病毒，采用ChIP方法分析了P6.9与主要病毒启动子结合的动力学情况，观察了P6.9与活性染色质及宿主细胞RNA聚合酶三者之间的共定位关系，检测了绝缘子序列HS4对病毒早期启动子活性的影响。发现杆状病毒染色质在病毒生发基质形成，P6.9与DNA结合时不受转录活性的影响，P6.9富集在活性染色质中，无论在感染早期或晚期，病毒染色质都可以作为宿主RNA聚合酶的活性转录模板。