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由稻瘟病菌(Magnapothe oryzae)引起的稻瘟病是世界水稻生产中三大毁灭性病害之一,也是西南地区一季稻常见的流行性病害之一。该病害在贵州南部、四川盆地中西部和云南西南部等地发生率非常高。因此,致力于稻瘟病菌群体遗传结构及其多样性的研究、掌握其毒性相关基因的出现频率,对于品种选育、合理布局和延长抗病品种的使用寿命等方面都具有重要的意义。本研究通过对西南地区8个县(市)所采集到的穗颈瘟标样进行病菌分离,选用13对SSR引物和16对毒性相关基因特异性引物对病原菌基因组DNA进行PCR扩增。根据反应的结果,建立基于SSR序列和毒性相关基因序列的0-1数据库,通过一系列软件对病原菌群体遗传结构及遗传多样性进行分析,并根据扩增结果初步预测毒性相关基因的分布频率,得到如下结论：1、通过分离得到200个单孢分离菌株。其中四川雅安52株,温江37株,南充33株,自贡6株；重庆永川25株,垫江24株,梁平15株；贵州湄潭8株。2、8对SSR引物都能扩增出特异性条带,扩增频率较高,大部分在95.00%以上；16对毒性相关基因特异性引物均能扩增出目的条带,扩增频率差异较大。3、西南地区稻瘟病菌群体遗传结构复杂,层次丰富。200个供试菌株可以归为90个不同的单元型,包括1个绝对优势单元型,22个次要单元型,67个稀有单元型。在0.90遗传相似水平下划分为24个遗传宗谱,包括1个绝对优势宗谱、5个亚优势宗谱、7个次要宗谱和11个小宗谱。8个区域稻瘟病菌的单元型和遗传宗谱都非常丰富。相同来源的菌株能够构成不同的单元型和遗传宗谱,同一单元型和遗传宗谱的菌株来源也不尽相同,各区域内的菌株在群体遗传结构上反映出一定的特异性和明显的多样性。4、通过遗传参数分析显示西南地区稻瘟病菌的遗传多样性比较丰富。在群体平均水平上,有效等位基因数目(Ne)为1.4466,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2753,Shannon信息指数(I)为0.4291,多态性位点数(NP)为28个,多态位点百分率(P)为96.50%。不同区域之间,各群体的遗传多样性水平具有一定差异。来源于南充的稻瘟病菌群体具有较高的遗传多样性,其次是自贡、永川、雅安相对较高,而温江和垫江相对较低,梁平和湄潭区域最低。5、西南地区稻瘟病菌群体存在一定的遗传分化,群体内多样性大于群体间多样性,且总遗传变异的40.14%存在于群体间,59.86%存在于群体内(Gst=0.4014)。6、Nei(1972)无偏倚遗传距离范围为0.0357～0.6173,遗传相似度范围为0.5394-0.9649,8个群体间的平均遗传距离为0.1901,平均遗传相似度为0.8383。8个区域稻瘟病菌群体亲缘关系由近到远依次为雅安、南充、垫江、梁平、湄潭、温江、永川和自贡。7、各致病基因特异性引物在群体间和群体内的扩增频率差异都较大,大部分无毒基因特异性引物在群体间和群体内的扩增频率差异较大,据此初步预测各毒性相关基因在群体中的分布频率,为聚合育种、品种布局、延长抗病品种的使用寿命提供一定的参考。