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绩效审计是更高层次的审计，是审计工作的发展方向。近年来，我国高等教育规模空前发展，教育经费总额不断增长，但由于我国多数高校基础设施薄弱，教育资金远远不能满足建设发展的需要，教育投入严重不足和教育经费使用效益不高的情况在较长一段时间内存在，如何开展绩效审计是当前高校审计面临的切实问题。本文选择高校绩效审计进行研究，正是出于实际工作的需要。
本文将相对于传统财务审计的非财务审计统一称之为绩效审计。本文运用规范分析研究和实证研究相结合的方法，由绩效审计一般入手，在介绍我国绩效审计的发展历程和初步成效的基础上，引至我国高校绩效审计。从当前高等教育发展的现实出发，系统阐述了高校开展绩效审计的必然性、可行性，并根据高校绩效特点，建立一系列绩效考评指标。进而在研究高校绩效审计存在问题的基础上，提出高校绩效审计的实施方式。
由于在绩效审计观念、人员、评价指标和操作规范等方面存在着不足，加之财务审计任务依然繁重，当前高校全面开展绩效审计的条件尚未成熟，较好的办法应为在现行的主要审计项目中融入并逐渐加大绩效审计的内容和方法，并通过建立信息交流平台的方式，逐渐完善高校绩效审计的评价指标和操作规范。本文最后还结合实际，介绍了经济责任绩效审计、建设项目绩效审计、科研经费绩效审计和校办产业绩效审计的内容、存在问题和绩效评价要点，为实际工作的开展提供一定的参考。