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互联网使现代商业发生了重大革命，传统的交易方式越来越依赖于网络环境而进行。电子商务成了现代商业的核心。从法律的演进来说，知识产权一直在随技术的发展而迅速变迁，其保护范围随着技术的发展，以及人类对自然更深广的认识而不断扩大。知识产权中的专利权是工业产权中的重要组成部分。专利与技术创新从来都是联系最为紧密的。专利在网络环境中的一个新表现就是商业方法专利。 本文从创新的角度，系统地研究了网络环境中商业方法专利问题。本文主要回答的问题是:基于网络的商业方法专利是促进还是抑制了创新，促进或抑制的原因是什么，如何解决。由于无论是从程序法上看，还是从实体法上看，知识产权法在全球范围内都有高度的融合趋势，美国又主导世界知识产权法的走向，所以本文主要以美国法为背景，希望对美国法中该领域的研究能对中国有借鉴意义。 本文首先回顾了现有研究文献，提出了研究的问题和方法并对有关商业方法的基本概念进行了界定。接着开始研究了美国商业方法专利的发展历程，即其可专利性问题。本文详细地研究了State Street Bank& Trust Co.v.Signature Financial Group, Inc.案，以该案和美国专利法第101、102、103条和112条为中心，详尽地分析了相关的一系列美国案例，从中寻求美国商业方法发明从被排斥于专利法之外到被专利法所接受的重要发展历程。然后，用博弈论的方法来进行规范研究，从一种合作而不是从传统的垄断角度来看待专利，以著名的“发明人悖论”为起点，用囚徒困境模型来解释，商业方法专利的合作机制及其价值，以及对创新的贡献。接着继续应用博弈论的工具，分析了商业方法专利对技术标准的影响，因为这是经济和技术全球化下必然涉及到的问题，从分析中可以看出，标准中的商业方法专利，在以网络为基础的现代经济中具有举足轻重的意义。 由于创新是评论专利制度的根本因素，本文专门讨论了商业方法专利对创新的影响，从创新角度对商业方法专利的观念史进行了考察，研究人们对商业方法专利的不同看法，以加深人们对此制度的理解。基于网络的商业方法专利是世界性的问题，所以本文还对各国（地区）商业方法专利进行了比较研究，从横的方面对各个主要国家和地区的商业方法专利制度进行了比较，特别重点研究了美国、欧洲和日本等主要专利大国的制度考察，并结合中国的实践专门讨论了中国的商业方法专利制度，从中可以看出各个国家由于历史和经济发展水平不同所产生的差异。商业方法专利在某些领域的申请特别活跃，影响也比其他领域的为大，所以有必要对特殊领域的商业方法专利进行研究，本文讨论了几个特殊的领域，特别是金融领域，这些领域在传统上都很少提出专利申请，但在新的技术背景下也被专利法所影响。 网络环境中，专利法的地域性原则被淡化了，管辖成了悬而未决的问题，所以本文以NTP, Inc.v. Research in Motion, Ltd.案和美国专利法第271条为中心，对网络时代重要的管辖问题进行了讨论，展示了其复杂性专利法所面临的困境。本文还讨论了商业方法专利中其他几个重要的立法、司法和行政实践中的问题，如专利审查中的三性、公众的反馈、立法及其他建议措施等，这些问题的提出和解决有利于完善商业方法专利制度。 信息时代，信息流处于中心的地位，商业方法专利制度是利益博弈的结果，这是一个实践问题，是一个不断完善的过程。本文在国内首次把博弈论分析工具和信号理论引入商业方法专利的研究中。从经济学上来说，制度是理性的个人、组织之间利益计算、利益冲突的结果，微观的博弈模型的技术性考察有利于研究宏观的专利制度问题。除此之外，把实证和规范方法结合起来，通过历史研究、比较研究等方法得出结论。这一问题的研究可以在某种程度上消除人们对商业方法专利保护的疑虑，为保护寻求正当性和合法性根据，并为实践提供理论上的指导。 经过研究，本文认为:商业方法专利制度的发生发展是历史的必然，是现代信息技术发展的结果。但是，商业方法的专利保护成为一个正式的法律制度的时间还不长，面临的争论还没有平息。在越来越多的国家对商业方法发明进行专利保护后，会激发该领域中的创新热情;商业方法的专利保护有利于发明、披露和投资，为创新提供了激励，从这方面看，它是有益于创新的;商业方法专利对标准的强列影响会激励政府在此领域的资金和人力投入，也会推动此领域的创新。各国专利法的国际融合，在国际经济竞争的压力下，也会刺激各国（地区）的创新努力。 当然，各个国家的发展不平衡，各个技术领域的发展也不平衡，加上网络引起的域外管辖等不确定的复杂问题，都会影响到商业方法专利的实际效果。另外，从软件和网络的特性出发，商业方法专利又会造成专利灌丛，影响到中小企业对市场的进入，增加社会成本，削弱了创新的力量。为了避免这些弊端，美国采取了先用权抗辩、二次审查等手段，但也存在专利歧视的问题。商业方法专利对创新的影响是多方面的，从规范的角度看，该制度对创新总体是有益的，但还要有更多实证研究结果的支持。 互联网的兴起和电子商务的发展以技术和商业模式的创新为基础。中国正在经历这一过程，本文希望该主题的研究能够促进国内政策制订者、理论界和产业界对商业方法专利的理解，并有益于促进此领域的研究，有助于推动此领域法律实务方面的实践活动。