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真核细胞内源性蛋白质翻译后修饰与众多重大疾病相关联因而一直备受关注。破解药物靶标的翻译后修饰密码为药物设计开辟了新的思路。翻译后修饰使蛋白的结构变得更加复杂，功能更加多样，调节更加细化，作用更加特异。通过系统鉴定与疾病相关的靶标蛋白中翻译后修饰类型及其修饰位点，比较病理状态下靶标蛋白翻译后修饰水平与正常状态中蛋白修饰水平的差异，检测药物处理后靶标蛋白翻译后修饰水平的变化，或许能从另一角度更深入透彻的理解疾病致病机理，促进药物研发。然而对翻译后修饰的确定一直存在诸多困难。伴随生物质谱技术的不断完善，它逐渐成为蛋白质翻译后修饰鉴定的最有力的方法之一。微管蛋白是抗癌类药物的一种重要靶标蛋白，与其相关的药物很多，最具代表性的是紫杉醇，它具有聚合和稳定细胞内微管的作用。 本研究以我们把人源细胞系中表达的微管蛋白作为研究对象，依托WatersSNAPT HDMS系统对其多种翻译后修饰进行系统鉴定。通过对样品前处理过程的改进，对后续色谱质谱检测参数的优化，对所获的质谱分析数据的可信度验证筛选原则的完善，建立了一套适用于真核细胞内源性蛋白翻译后修饰鉴定的最优化分析流程。利用这套建立的真核蛋白翻译后修饰质谱分析流程，我们对模式蛋白的多种翻译后修饰进行了最系统全面准确的鉴定。在完善翻译后修饰位点鉴定流程的基础上，我们进一步探索建立非标记和标记定量蛋白质组学方法，以期对蛋白翻译后修饰水平进行相对定量比较。 总体来说，我们建立了一整套用于真核细胞内源性蛋白翻译后修饰类型和修饰位点鉴定、修饰水平监测的分析方法体系。将这套分析体系应用于重大药物靶标翻译后修饰的研究，将有效促进对重大疾病机理的理解、为针对靶标蛋白的药物设计研发提供借鉴，对重大疾病的攻克意义深远。