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九寨沟自然保护区地处四川盆地北部岷山山脉南段，属川西高原气候中的暖温带。保护区内分布着118个串珠状排列的高山湖泊，核心景区共有湖泊20个(组)，集中在海拔2000米到3000米之间。水资源是九寨沟的灵魂，保护水生生态系统是九寨沟生态旅游可持续发展的立足之本。本研究以九寨沟湿地生物多样性保护项目为依托，于2007年5月～2008年4月对九寨沟核心景区湖泊水体硅藻植物进行调查，分析了其密度与环境因子的相互关系，旨在为九寨沟湖泊生态系统保护提供科学依据和基础资料。主要有以下几点结论：
(1)九寨沟硅藻植物丰富，调查统计为2纲6目10科35属159种(包括变种和变型)，水体硅藻中真性浮游种类较少，着生种类多，羽纹纲的脆杆藻属、舟形藻属、桥弯藻属、异极藻属、曲壳藻属的种类最多，常为优势属组成湖泊硅藻群落，只在长海是小环藻属占绝对优势。
(2)九寨沟水体中硅藻细胞密度不大，多在4×104～30×104个/L，长海最高，五花海最低。在年变化上，不同的湖泊水体中硅藻的生长高峰季节不尽相同，在夏季、秋末和冬末春初均有可能出现高密度。在空间上，整体看来密度与海拔有一定的正相关，但由于水温不是单一主导因素，密度受多种环境因子影响，在海拔梯度上呈现一定的波浪状变化。
(3)影响九寨沟湖泊水体硅藻细胞密度较重要的环境因子是海拔、水温和pH。硅藻细胞密度年变化幅度大的湖泊水体，年平均细胞密度大。因此，环境因素不太稳定的湖泊水体，更可能出现高的硅藻细胞密度。11月份响应于水量剧烈的减少，细齿菱形藻大量出现在五彩池成为优势种群，造成水体硅藻细胞密度的大幅增加。
(4)九寨沟湖泊水体水质几乎达到国家地表水I类标准，但是，硅藻商指数以及代表多样性的Cairns指数计算的结果不能反映水质的情况，这是由于水质状况不是决定九寨沟湖泊水体中硅藻生存的种类和数量的主要因素。因此在用各种指数分析水质的时候，都应该先判断计算该指数的参数是否主要由水质状况决定，然后再综合理化性质等其他指标分析和比较。
(5)人类的活动对九寨沟湖泊水生态系统有一定的影响。一方面，在低海拔景点人类活动的干扰比海拔高处相对要大，干扰引起低海拔景点湖泊硅藻Caims指数较高；另一方面，旺季的影响比淡季大，水体中出现了典型富营养种类。因此，应加强低海拔景点和旺季的管理，并限制淡季的人类活动以保证九寨沟生态系统的自我恢复。