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猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome，PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)引起的一种以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为特征的传染病。迄今为止，该病己给世界养猪业造成了巨大的经济损失。
在PRRSV的全基因组中，Nsp2基因变异最大，对该基因变异的分析在一定程度上能够反映PRRSV整个基因组变异的情况。本研究采用RT-PCR方法，从临床发病猪的病料中扩增出PRRSV的Nsp2基因，得到17株PRRSV Nsp2基因的部分序列片段。序列测定和分析发现，扩增的17株Nsp2部分基因序列均有两个区域存在明显缺失。
应用DNA Star分析软件与GenBank中已发表的其他毒株序列进行核苷酸相似性比较，结果表明：17株Nsp2序列之间的核苷酸同源性为93.7～100％，与CH-1a、CH1R和VR-2332的核苷酸序列同源性分别为74.8～77.5%、75.1～77.8%和65.6～66.3%，与疫苗株MLV的同源性在65.9～66.1%之间，与HB-1(sh)2002、HEB1的同源性分别为78.4～81.8%、94.3～97.2%，而与HUN4、JX143、XH-GD等高致病性蓝耳病代表株的同源性分别为95.2～98.4%、95.5～98.4%、94.9～100.0%之间。参考国内外已经发表的Nsp2基因序列，采用分子生物学软件MEGA4绘制了PRRSV的系统进化树，结果表明：17株Nsp2与PRRSV经典株VR-2332、疫苗株MLV的遗传关系较远；与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA143、HUN4、XH-GD的遗传进化关系较近，属同一分支。
本研究，对2009至2011年，来自广东省地区部分猪场的411份血清样品及107份组织病料进行检测发现，所有被检测猪场均存在不同程度的PRRSV感染，全部猪的PRRSV的平均抗体阳性率为53.53%(220/411)。仔猪的抗体阳性率为49.45%(45/91)，种公猪的抗体阳性率为42.00%(21/50)，后备母猪的抗体阳性率为53.90%(76/141)，经产母猪的抗体阳性率为60.47%(78/129)。PRRSV病原阳性率为62.62%(67/107)，PRV病原阳性率为3.74%(4/107)，PCV2病原阳性率为42.98%(46/107)。变异株占PRRS阳性感染的91.04%(61/67)。从本调查结果可以看出，同一猪群，猪的年龄越大，PRRSV抗体阳性率越高。本研究发现PRRSV抗体的阳性率与PCV2抗体阳性率有较强的相关性，并且，PRRSV病原阳性率(62.62%)与PCV2病原阳性率(42.98%)有很大相关性，这种相关性有待于进一步研究。
本研究针对猪繁殖与呼吸综合征病毒XH株Nsp2基因序列的高变区域，设计了8对引物，覆盖PRRSV-XH株Nsp2基因组的cDNA重叠片段△A1、△A2、△B1、△B2、△C1、△C2大小应分别为2115bp、720bp、2109bp、1008bp、2451bp、720bp。通过融合PCR的方法，最终扩增出三类关于PRRSV-XH株Nsp2部分基因序列缺失的cDNA片段，并将它们分别克隆入pJET1.2Blunt载体，对这些亚克隆进行大量测序后，与亲本毒株PRRSV-XH株进行比对，筛选出与亲本相同的亚克隆，然后将获得的正确克隆依次连接并克隆到低拷贝质粒载体pokq中，最终获得了三株关于PRRSV-XH株Nsp2部分缺失的全长cDNA重组质粒pokq-△ABCD。为进一步研究Nsp2的基因序列的缺失与PRRSV毒力之间的关系奠定了基础。