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I型干扰素(IFN)信号通路的激活是最主要的抗病毒天然免疫反应。IFN的转录需要两个转录因子的激活，它们是IRF3/7复合体和NF-κB复合体。很多病毒的蛋白都具有对抗干扰素通路，从而协助病毒逃避天然免疫的功能。在本部分研究中，发现了卡波西氏肉瘤病毒(KSHV)编码的miR-K12-11通过下调IFN通路重要的调节蛋白IKKε的表达，从而起到抑制IFN通路的作用。研究表明，miR-K12-11可以特异的抑制IKKε3UTR报告基因的活性。进一步发现表达miR-K12-11可以下调IKKε的蛋白水平，相反miR-K12-11的抑制剂可以在KSHV感染的细胞中恢复IKKε的表达。因此，证实了IKKε是miR-K12-11真正的靶基因。在此基础上，发现miR-K12-11可以削弱细胞的抗病毒干扰素通路的激活，从而抑制IKKε依赖的IFN应答基因的表达，降低了细胞抗病毒能力，还证明了这一效应是通过miR-K12-11抑制了IKKε所介导的IRF3/7磷酸化引起的。结果提示，miR-K12-11通过下调IKKε表达来干预IFN通路是KSHV在潜伏感染时调控IFN通路的重要方式。在病毒潜伏感染调控方面，发现虽然IKKε本身不能激活KSHV潜伏－裂解开关RTA的表达，但能够显著协同增强化学诱导剂TPA激活RTA表达的作用。同时，也证实了抑制miR-K12-11的功能，能增强VSV感染对KSHV裂解复制的激活作用。因此，实验也提示了miR-K12-11下调IKKε表达参与KSHV潜伏感染的维持。
KSHV潜伏态相关核抗原(LANA)是KSHV潜伏感染过程中主要表达的一个基因。LANA对于病毒游离体(episome)的维持、病毒DNA复制、裂解基因的转录抑制和多条重要细胞信号通路的调控都有着重要作用。为了系统性开展LANA的功能研究，建立了免疫沉淀－质谱(IP-MS)及串联亲和纯化－质谱(TAP-MS)等方法用以纯化LANA蛋白复合体。经试验，成功地通过TAP-MS的方法鉴定了多个潜在的LANA相互作用蛋白。其中，进一步对LANA－SMAD1的相互作用，以及它们的相互作用对于KSHV致病机制的意义进行了初步研究。SMAD1是BMP通路最重要的调控因子之一，SMAD1可以通过转录激活ID1的表达，参与血管生成和肿瘤发生的调控。首先，通过免疫共沉淀(Co-IP)的方法，证实了LANA与SMAD1存在相互作用。然后，发现KSHV感染原代脐带内皮细胞(HUVEC)可以导致ID1的表达上升。进一步的实验表明，LANA本身足以上调ID1的转录水平。还发现，在BMP2处理之后，LANA能增强ID1的激活，并延迟ID1转录水平的下降，而且LANA上调ID1是通过延长磷酸化SMAD1表达水平导致的。综上所述，因此，证明了LANA通过延长BMP信号的持续时间以上调ID1的转录水平这一现象，为后续研究LANA—SMAD1相互作用的功能研究奠定了重要基础。