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背景：鼠疫是迄今为止依然活跃在世界各地的烈性传染病，其病原体为鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）。中国鼠疫菌在地理分布上有一定的地域聚积性，在分子生物学上也有较稳定的基因类型。目前，应用于鼠疫菌核酸分型的方法主要有，脉冲场凝胶电泳（PFGE），核糖体分型（Ribotyping），随机扩增多态性分型（RAPD），插入序列（IS）分析，多位点序列分型（MLST），可变数量串联重复序列分型（VNTR）等。本研究旨在通过对鼠疫菌中插入序列的定位、定性分析而达到对鼠疫菌基因型的分型。
方法：以鼠疫菌CO92为模板，在其中插入序列285（IS285）的九个拷贝处的周围基因设计引物，对179株鼠疫菌，1株假结核耶尔森菌和EV76鼠疫疫苗株进行PCR扩增。通过扩增产物的有无及外周基因分布情况，来分析九个位置IS285的存在和差异。以聚类分析方法对菌株分型，进而和已有的生态型分类和其它基因分型方法比较，对此种分型方法进行评估。
结果：180株鼠疫菌的PCR扩增结果进行聚类分析，它们分别被聚成九类。九类中的大多数类中都有自己主导的生态型，它们在此类中占有较高比例；少数类中的生态型组成较为分散，但其中的多数生态型存在于集中的地理位置。分型结果也在一定程度上与rRNA、PFGE、RAPD和ISl00基因分型的结果相符合。说明IS285介导的基因分型结果具有地域规律，和生态型有一定联系。结论：以PCR扩增为基础的IS285基因分型是一种可行的鼠疫菌基因分型方法，可以用于鼠疫菌遗传关系的研究。扩增结果可以在一定程度上提示其生态型及地理位置，利于我们对菌株进行分子水平上的溯源，从而给疫情的流行病学调查提供客观的实验室辅助证据。